src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  26
  27 import com.stevesoft.pat.Regex;
  28
  29 /**
  30  * @author JimP
  31  *
  32  */
  33 public class EmblSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  34 {
  35
  36   public EmblSource()
  37   {
  38     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);
  39     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  40   }
  41
  42   /*
  43    * (non-Javadoc)
  44    *
  45    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  46    */
  47   public String getAccessionSeparator()
  48   {
  49     // TODO Auto-generated method stub
  50     return null;
  51   }
  52
  53   /*
  54    * (non-Javadoc)
  55    *
  56    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  57    */
  58   public Regex getAccessionValidator()
  59   {
  60     return new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  61   }
  62
  63   /*
  64    * (non-Javadoc)
  65    *
  66    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  67    */
  68   public String getDbSource()
  69   {
  70     return DBRefSource.EMBL;
  71   }
  72
  73   /*
  74    * (non-Javadoc)
  75    *
  76    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  77    */
  78   public String getDbVersion()
  79   {
  80     // TODO Auto-generated method stub
  81     return "0";
  82   }
  83
  84   /*
  85    * (non-Javadoc)
  86    *
  87    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  88    */
  89   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  90   {
  91     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBL, queries);
  92   }
  93
  94   /*
  95    * (non-Javadoc)
  96    *
  97    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
  98    */
  99   public boolean isValidReference(String accession)
 100   {
 101     // most embl refs look like ..
 102
 103     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
 104             : getAccessionValidator().search(accession);
 105
 106   }
 107
 108   /**
 109    * return LHD_CHICK coding gene
 110    */
 111   public String getTestQuery()
 112   {
 113     return "X53828";
 114   }
 115
 116   public String getDbName()
 117   {
 118     return "EMBL"; // getDbSource();
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public int getTier()
 123   {
 124     return 0;
 125   }
 126 }