src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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   6  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import com.stevesoft.pat.Regex;
  21
  22 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  23 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  24 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  25
  26 /**
  27  * @author JimP
  28  *
  29  */
  30 public class EmblSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  31 {
  32
  33   public EmblSource()
  34   {
  35     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);
  36     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  37   }
  38
  39   /*
  40    * (non-Javadoc)
  41    *
  42    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  43    */
  44   public String getAccessionSeparator()
  45   {
  46     // TODO Auto-generated method stub
  47     return null;
  48   }
  49
  50   /*
  51    * (non-Javadoc)
  52    *
  53    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  54    */
  55   public Regex getAccessionValidator()
  56   {
  57     return new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  58   }
  59
  60   /*
  61    * (non-Javadoc)
  62    *
  63    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  64    */
  65   public String getDbSource()
  66   {
  67     return DBRefSource.EMBL;
  68   }
  69
  70   /*
  71    * (non-Javadoc)
  72    *
  73    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  74    */
  75   public String getDbVersion()
  76   {
  77     // TODO Auto-generated method stub
  78     return "0";
  79   }
  80
  81   /*
  82    * (non-Javadoc)
  83    *
  84    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  85    */
  86   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  87   {
  88     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBL, queries);
  89   }
  90
  91   /*
  92    * (non-Javadoc)
  93    *
  94    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
  95    */
  96   public boolean isValidReference(String accession)
  97   {
  98     // most embl refs look like ..
  99
 100     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
 101             : getAccessionValidator().search(accession);
 102
 103   }
 104
 105   /**
 106    * return LHD_CHICK coding gene
 107    */
 108   public String getTestQuery()
 109   {
 110     return "X53828";
 111   }
 112
 113   public String getDbName()
 114   {
 115     return "EMBL"; // getDbSource();
 116   }
 117
 118   @Override
 119   public int getTier()
 120   {
 121     return 0;
 122   }
 123 }