src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  15  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import java.io.File;
  21 import java.util.Hashtable;
  22 import java.util.Iterator;
  23 import java.util.StringTokenizer;
  24
  25 import com.stevesoft.pat.Regex;
  26
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;
  32 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  33 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  34 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;
  35
  36 /**
  37  * @author JimP
  38  *
  39  */
  40 public class EmblSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  41 {
  42
  43   public EmblSource()
  44   {
  45     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);
  46     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  47   }
  48
  49   /*
  50    * (non-Javadoc)
  51    *
  52    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  53    */
  54   public String getAccessionSeparator()
  55   {
  56     // TODO Auto-generated method stub
  57     return null;
  58   }
  59
  60   /*
  61    * (non-Javadoc)
  62    *
  63    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  64    */
  65   public Regex getAccessionValidator()
  66   {
  67     return new com.stevesoft.pat.Regex("^[A-Z]+[0-9]+");
  68   }
  69
  70   /*
  71    * (non-Javadoc)
  72    *
  73    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  74    */
  75   public String getDbSource()
  76   {
  77     return DBRefSource.EMBL;
  78   }
  79
  80   /*
  81    * (non-Javadoc)
  82    *
  83    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  84    */
  85   public String getDbVersion()
  86   {
  87     // TODO Auto-generated method stub
  88     return "0";
  89   }
  90
  91   /*
  92    * (non-Javadoc)
  93    *
  94    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  95    */
  96   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  97   {
  98     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBL, queries);
  99   }
 100
 101   /*
 102    * (non-Javadoc)
 103    *
 104    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 105    */
 106   public boolean isValidReference(String accession)
 107   {
 108     // most embl refs look like ..
 109
 110     return (accession == null || accession.length() < 2) ? false
 111             : getAccessionValidator().search(accession);
 112
 113   }
 114
 115   /**
 116    * return LHD_CHICK coding gene
 117    */
 118   public String getTestQuery()
 119   {
 120     return "X53828";
 121   }
 122
 123   public String getDbName()
 124   {
 125     return "EMBL"; // getDbSource();
 126   }
 127 }