src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23
  24 import com.stevesoft.pat.Regex;
  25
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  28 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  29
  30 /**
  31  * Test class for accessing GeneDB - not yet finished.
  32  *
  33  * @author JimP
  34  *
  35  */
  36 public class GeneDbSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  37 {
  38
  39   public GeneDbSource()
  40   {
  41     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);
  42     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  43   }
  44
  45   /*
  46    * (non-Javadoc)
  47    *
  48    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  49    */
  50   public String getAccessionSeparator()
  51   {
  52     // TODO Auto-generated method stub
  53     return null;
  54   }
  55
  56   /*
  57    * (non-Javadoc)
  58    *
  59    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  60    */
  61   public Regex getAccessionValidator()
  62   {
  63     // TODO Auto-generated method stub
  64     return null;
  65   }
  66
  67   /*
  68    * (non-Javadoc)
  69    *
  70    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  71    */
  72   public String getDbSource()
  73   {
  74     return DBRefSource.GENEDB;
  75   }
  76
  77   /*
  78    * (non-Javadoc)
  79    *
  80    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  81    */
  82   public String getDbVersion()
  83   {
  84     // TODO Auto-generated method stub
  85     return "0";
  86   }
  87
  88   /*
  89    * (non-Javadoc)
  90    *
  91    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  92    */
  93   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  94   {
  95     // query of form
  96     // http://www.genedb.org/genedb/ArtemisFormHandler?id=&dest=EMBL
  97     //
  98     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.GENEDB, queries);
  99   }
 100
 101   /*
 102    * (non-Javadoc)
 103    *
 104    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 105    */
 106   public boolean isValidReference(String accession)
 107   {
 108     // TODO Auto-generated method stub
 109     return false;
 110   }
 111
 112   /**
 113    * return T.Brucei Mannosyl-Transferase TbPIG-M
 114    */
 115   public String getTestQuery()
 116   {
 117     return "Tb927.6.3300";
 118   }
 119
 120   public String getDbName()
 121   {
 122     return "GeneDB"; // getDbSource();
 123   }
 124   @Override
 125   public int getTier()
 126   {
 127     return 0;
 128   }
 129 }