src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  26
  27 import com.stevesoft.pat.Regex;
  28
  29 /**
  30  * Test class for accessing GeneDB - not yet finished.
  31  *
  32  * @author JimP
  33  *
  34  */
  35 public class GeneDbSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  36 {
  37
  38   public GeneDbSource()
  39   {
  40     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);
  41     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  42   }
  43
  44   /*
  45    * (non-Javadoc)
  46    *
  47    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  48    */
  49   public String getAccessionSeparator()
  50   {
  51     // TODO Auto-generated method stub
  52     return null;
  53   }
  54
  55   /*
  56    * (non-Javadoc)
  57    *
  58    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  59    */
  60   public Regex getAccessionValidator()
  61   {
  62     // TODO Auto-generated method stub
  63     return null;
  64   }
  65
  66   /*
  67    * (non-Javadoc)
  68    *
  69    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  70    */
  71   public String getDbSource()
  72   {
  73     return DBRefSource.GENEDB;
  74   }
  75
  76   /*
  77    * (non-Javadoc)
  78    *
  79    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  80    */
  81   public String getDbVersion()
  82   {
  83     // TODO Auto-generated method stub
  84     return "0";
  85   }
  86
  87   /*
  88    * (non-Javadoc)
  89    *
  90    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  91    */
  92   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  93   {
  94     // query of form
  95     // http://www.genedb.org/genedb/ArtemisFormHandler?id=&dest=EMBL
  96     //
  97     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.GENEDB, queries);
  98   }
  99
 100   /*
 101    * (non-Javadoc)
 102    *
 103    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 104    */
 105   public boolean isValidReference(String accession)
 106   {
 107     // TODO Auto-generated method stub
 108     return false;
 109   }
 110
 111   /**
 112    * return T.Brucei Mannosyl-Transferase TbPIG-M
 113    */
 114   public String getTestQuery()
 115   {
 116     return "Tb927.6.3300";
 117   }
 118
 119   public String getDbName()
 120   {
 121     return "GeneDB"; // getDbSource();
 122   }
 123
 124   @Override
 125   public int getTier()
 126   {
 127     return 0;
 128   }
 129 }