src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  15  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20
  21 import com.stevesoft.pat.Regex;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  26
  27 /**
  28  * Test class for accessing GeneDB - not yet finished.
  29  *
  30  * @author JimP
  31  *
  32  */
  33 public class GeneDbSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  34 {
  35
  36   public GeneDbSource()
  37   {
  38     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);
  39     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  40   }
  41
  42   /*
  43    * (non-Javadoc)
  44    *
  45    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  46    */
  47   public String getAccessionSeparator()
  48   {
  49     // TODO Auto-generated method stub
  50     return null;
  51   }
  52
  53   /*
  54    * (non-Javadoc)
  55    *
  56    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  57    */
  58   public Regex getAccessionValidator()
  59   {
  60     // TODO Auto-generated method stub
  61     return null;
  62   }
  63
  64   /*
  65    * (non-Javadoc)
  66    *
  67    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  68    */
  69   public String getDbSource()
  70   {
  71     return DBRefSource.GENEDB;
  72   }
  73
  74   /*
  75    * (non-Javadoc)
  76    *
  77    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  78    */
  79   public String getDbVersion()
  80   {
  81     // TODO Auto-generated method stub
  82     return "0";
  83   }
  84
  85   /*
  86    * (non-Javadoc)
  87    *
  88    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  89    */
  90   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  91   {
  92     // query of form
  93     // http://www.genedb.org/genedb/ArtemisFormHandler?id=&dest=EMBL
  94     //
  95     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.GENEDB, queries);
  96   }
  97
  98   /*
  99    * (non-Javadoc)
 100    *
 101    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 102    */
 103   public boolean isValidReference(String accession)
 104   {
 105     // TODO Auto-generated method stub
 106     return false;
 107   }
 108
 109   /**
 110    * return T.Brucei Mannosyl-Transferase TbPIG-M
 111    */
 112   public String getTestQuery()
 113   {
 114     return "Tb927.6.3300";
 115   }
 116
 117   public String getDbName()
 118   {
 119     return "GeneDB"; // getDbSource();
 120   }
 121   @Override
 122   public int getTier()
 123   {
 124     return 0;
 125   }
 126 }