src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  15  *
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  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.ws.dbsources;
  20
  21
  22 import com.stevesoft.pat.Regex;
  23
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  26 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  27
  28 /**
  29  * Test class for accessing GeneDB - not yet finished.
  30  *
  31  * @author JimP
  32  *
  33  */
  34 public class GeneDbSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy
  35 {
  36
  37   public GeneDbSource()
  38   {
  39     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);
  40     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);
  41   }
  42
  43   /*
  44    * (non-Javadoc)
  45    *
  46    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  47    */
  48   public String getAccessionSeparator()
  49   {
  50     // TODO Auto-generated method stub
  51     return null;
  52   }
  53
  54   /*
  55    * (non-Javadoc)
  56    *
  57    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  58    */
  59   public Regex getAccessionValidator()
  60   {
  61     // TODO Auto-generated method stub
  62     return null;
  63   }
  64
  65   /*
  66    * (non-Javadoc)
  67    *
  68    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  69    */
  70   public String getDbSource()
  71   {
  72     return DBRefSource.GENEDB;
  73   }
  74
  75   /*
  76    * (non-Javadoc)
  77    *
  78    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  79    */
  80   public String getDbVersion()
  81   {
  82     // TODO Auto-generated method stub
  83     return "0";
  84   }
  85
  86   /*
  87    * (non-Javadoc)
  88    *
  89    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  90    */
  91   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  92   {
  93     // query of form
  94     // http://www.genedb.org/genedb/ArtemisFormHandler?id=&dest=EMBL
  95     //
  96     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.GENEDB, queries);
  97   }
  98
  99   /*
 100    * (non-Javadoc)
 101    *
 102    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 103    */
 104   public boolean isValidReference(String accession)
 105   {
 106     // TODO Auto-generated method stub
 107     return false;
 108   }
 109
 110   /**
 111    * return T.Brucei Mannosyl-Transferase TbPIG-M
 112    */
 113   public String getTestQuery()
 114   {
 115     return "Tb927.6.3300";
 116   }
 117
 118   public String getDbName()
 119   {
 120     return "GeneDB"; // getDbSource();
 121   }
 122   @Override
 123   public int getTier()
 124   {
 125     return 0;
 126   }
 127 }