src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25
  26 import com.stevesoft.pat.Regex;
  27
  28 /**
  29  * Test class for accessing GeneDB - not yet finished.
  30  *
  31  * @author JimP
  32  *
  33  */
  34 public class GeneDbSource extends EmblXmlSource
  35 {
  36
  37   public GeneDbSource()
  38   {
  39     super();
  40   }
  41
  42   /*
  43    * (non-Javadoc)
  44    *
  45    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  46    */
  47   @Override
  48   public String getAccessionSeparator()
  49   {
  50     // TODO Auto-generated method stub
  51     return null;
  52   }
  53
  54   /*
  55    * (non-Javadoc)
  56    *
  57    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  58    */
  59   @Override
  60   public Regex getAccessionValidator()
  61   {
  62     // TODO Auto-generated method stub
  63     return null;
  64   }
  65
  66   /*
  67    * (non-Javadoc)
  68    *
  69    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  70    */
  71   @Override
  72   public String getDbSource()
  73   {
  74     return DBRefSource.GENEDB;
  75   }
  76
  77   /*
  78    * (non-Javadoc)
  79    *
  80    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  81    */
  82   @Override
  83   public String getDbVersion()
  84   {
  85     // TODO Auto-generated method stub
  86     return "0";
  87   }
  88
  89   /*
  90    * (non-Javadoc)
  91    *
  92    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  93    */
  94   @Override
  95   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  96   {
  97     // query of form
  98     // http://www.genedb.org/genedb/ArtemisFormHandler?id=&dest=EMBL
  99     //
 100     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.GENEDB, queries);
 101   }
 102
 103   /*
 104    * (non-Javadoc)
 105    *
 106    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 107    */
 108   @Override
 109   public boolean isValidReference(String accession)
 110   {
 111     // TODO Auto-generated method stub
 112     return false;
 113   }
 114
 115   /**
 116    * return T.Brucei Mannosyl-Transferase TbPIG-M
 117    */
 118   @Override
 119   public String getTestQuery()
 120   {
 121     return "Tb927.6.3300";
 122   }
 123
 124   @Override
 125   public String getDbName()
 126   {
 127     return "GeneDB"; // getDbSource();
 128   }
 129
 130   @Override
 131   public int getTier()
 132   {
 133     return 0;
 134   }
 135 }