src/jalview/ws/dbsources/GeneDbSource.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.ws.dbsources;\r
  19 \r
  20 import java.io.File;\r
  21 import java.util.Hashtable;\r
  22 import java.util.Iterator;\r
  23 import java.util.StringTokenizer;\r
  24 \r
  25 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  29 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  31 import jalview.datamodel.xdb.embl.EmblEntry;\r
  32 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;\r
  33 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  34 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;\r
  35 \r
  36 /**\r
  37  * Test class for accessing GeneDB - not yet finished.\r
  38  * \r
  39  * @author JimP\r
  40  * \r
  41  */\r
  42 public class GeneDbSource extends EmblXmlSource implements DbSourceProxy\r
  43 {\r
  44 \r
  45   public GeneDbSource()\r
  46   {\r
  47     addDbSourceProperty(DBRefSource.DNASEQDB);\r
  48     addDbSourceProperty(DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
  49   }\r
  50 \r
  51   /*\r
  52    * (non-Javadoc)\r
  53    * \r
  54    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()\r
  55    */\r
  56   public String getAccessionSeparator()\r
  57   {\r
  58     // TODO Auto-generated method stub\r
  59     return null;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   /*\r
  63    * (non-Javadoc)\r
  64    * \r
  65    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()\r
  66    */\r
  67   public Regex getAccessionValidator()\r
  68   {\r
  69     // TODO Auto-generated method stub\r
  70     return null;\r
  71   }\r
  72 \r
  73   /*\r
  74    * (non-Javadoc)\r
  75    * \r
  76    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()\r
  77    */\r
  78   public String getDbSource()\r
  79   {\r
  80     return DBRefSource.GENEDB;\r
  81   }\r
  82 \r
  83   /*\r
  84    * (non-Javadoc)\r
  85    * \r
  86    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()\r
  87    */\r
  88   public String getDbVersion()\r
  89   {\r
  90     // TODO Auto-generated method stub\r
  91     return "0";\r
  92   }\r
  93 \r
  94   /*\r
  95    * (non-Javadoc)\r
  96    * \r
  97    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])\r
  98    */\r
  99   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
 100   {\r
 101     // query of form\r
 102     // http://www.genedb.org/genedb/ArtemisFormHandler?id=&dest=EMBL\r
 103     //\r
 104     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.GENEDB, queries);\r
 105   }\r
 106 \r
 107   /*\r
 108    * (non-Javadoc)\r
 109    * \r
 110    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)\r
 111    */\r
 112   public boolean isValidReference(String accession)\r
 113   {\r
 114     // TODO Auto-generated method stub\r
 115     return false;\r
 116   }\r
 117 \r
 118   /**\r
 119    * return T.Brucei Mannosyl-Transferase TbPIG-M\r
 120    */\r
 121   public String getTestQuery()\r
 122   {\r
 123     return "Tb927.6.3300";\r
 124   }\r
 125 \r
 126   public String getDbName()\r
 127   {\r
 128     return "GeneDB"; // getDbSource();\r
 129   }\r
 130 }\r