src/jalview/ws/dbsources/Intermine.java

   1 package jalview.ws.dbsources;
   2
   3 import jalview.datamodel.Alignment;
   4 import jalview.datamodel.DBRefSource;
   5 import jalview.datamodel.Sequence;
   6 import jalview.ws.HttpClientUtils;
   7 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;
   8
   9 import java.io.IOException;
  10 import java.util.Iterator;
  11 import java.util.StringTokenizer;
  12
  13 import org.apache.http.client.ClientProtocolException;
  14 import org.json.simple.JSONArray;
  15 import org.json.simple.JSONObject;
  16 import org.json.simple.parser.JSONParser;
  17
  18 import com.stevesoft.pat.Regex;
  19
  20 public abstract class Intermine extends DbSourceProxyImpl
  21 {
  22   protected int seqStart = 1;
  23
  24   protected int seqEnd = 500;
  25
  26   protected String domain = "7227";
  27
  28   protected String name = "Intermine";
  29
  30   protected String baseUrl = "";
  31
  32   protected String testQuery = "";
  33
  34   @Override
  35   public String getDbSource()
  36   {
  37     return DBRefSource.INTERMINE;
  38   }
  39
  40   @Override
  41   public String getDbName()
  42   {
  43     return "INTERMINE_" + this.name;
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public String getDbVersion()
  48   {
  49     return baseUrl;
  50   }
  51
  52
  53   @Override
  54   public String getAccessionSeparator()
  55   {
  56     return null;
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public Regex getAccessionValidator()
  61   {
  62     return null;
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public String getTestQuery()
  67   {
  68     return testQuery;
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public boolean isValidReference(String accession)
  73   {
  74     return false;
  75   }
  76
  77   @SuppressWarnings("unchecked")
  78   public Alignment getAlignmentData(String baseUrl, String query,
  79           String domain, int seqStart, int seqEnd)
  80   {
  81
  82     StringTokenizer queries = new StringTokenizer(query, ";");
  83
  84     int count = 0;
  85     Sequence[] retrievedSeq = new Sequence[queries.countTokens()];
  86     try
  87     {
  88       while (queries.hasMoreTokens())
  89       {
  90         String uniquequery = queries.nextToken();
  91         String seqRef = uniquequery;
  92         // StringTokenizer queryParam = new StringTokenizer(uniquequery, ":");
  93         String[] queryParam = uniquequery.split(":");
  94         if (queryParam.length > 1)
  95         {
  96           seqRef = queryParam[0];
  97           String[] positions = queryParam[1].split("-");
  98           if (positions.length > 1)
  99           {
 100             seqStart = Integer.valueOf(positions[0]);
 101             seqEnd = Integer.valueOf(positions[1]);
 102           }
 103         }
 104
 105         startQuery();
 106         String rawSequenceData = fetchData(baseUrl,
 107                 seqRef, domain,
 108                 seqStart, seqEnd, true);
 109         String rawAnnotationData = fetchData(baseUrl,
 110                 uniquequery, domain, seqStart, seqEnd, false);
 111         stopQuery();
 112
 113         String sequenceString = "";
 114
 115         // System.out.println("Sequence data: " + rawSequenceData);
 116         // System.out.println("Annotation data : " + rawAnnotationData);
 117         JSONParser jsonParser = new JSONParser();
 118         JSONObject rawSeqJson = (JSONObject) jsonParser
 119                 .parse(rawSequenceData);
 120         // JSONObject rawAnotJson = (JSONObject)
 121         // jsonParser.parse(rawAnnotationData);
 122         JSONArray rawSeqJsonArray = (JSONArray) rawSeqJson.get("features");
 123         for (Iterator<JSONObject> sequenceIter = rawSeqJsonArray.iterator(); sequenceIter
 124                 .hasNext();)
 125         {
 126           // retrievedSeq = new Sequence[rawSeqJsonArray.size()];
 127           JSONObject feature = sequenceIter.next();
 128           sequenceString = feature.get("seq").toString();
 129           int start = Integer.valueOf(feature.get("start").toString());
 130           int end = Integer.valueOf(feature.get("end").toString());
 131
 132           retrievedSeq[count++] = new Sequence(uniquequery, sequenceString,
 133                   start,
 134                   end);
 135         }
 136       }
 137     } catch (Exception e)
 138     {
 139       e.printStackTrace();
 140     }
 141     return new Alignment(retrievedSeq);
 142   }
 143
 144
 145   private static String fetchData(String baseUrl, String seqRef,
 146           String domain, int start, int end, Boolean fetchRef)
 147                   throws ClientProtocolException, IOException
 148   {
 149     String resourceUrl = baseUrl + "/service/jbrowse/" + domain
 150             + "/features/" + seqRef + "?start=" + start + "&end=" + end
 151             + "&reference=" + fetchRef;
 152     return HttpClientUtils.doHttpUrlGet(resourceUrl);
 153   }
 154
 155   @Override
 156   public int getTier()
 157   {
 158     return 0;
 159   }
 160
 161 }