src/jalview/ws/dbsources/Intermine.java

   1 package jalview.ws.dbsources;
   2
   3 import jalview.datamodel.Alignment;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.DBRefSource;
   6 import jalview.io.FormatAdapter;
   7 import jalview.io.IdentifyFile;
   8 import jalview.ws.intermine.IntermineFetchClient;
   9 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;
  10
  11 import java.util.Iterator;
  12
  13 import org.json.simple.JSONArray;
  14 import org.json.simple.JSONObject;
  15
  16 import com.stevesoft.pat.Regex;
  17
  18 public class Intermine extends DbSourceProxyImpl // implements DbSourceProxy
  19 {
  20
  21   @Override
  22   public String getDbSource()
  23   {
  24     return DBRefSource.INTERMINE;
  25   }
  26
  27   @Override
  28   public String getDbName()
  29   {
  30     return "Intermine";
  31   }
  32
  33   @Override
  34   public String getDbVersion()
  35   {
  36     return "0";
  37   }
  38
  39   @Override
  40   public String getAccessionSeparator()
  41   {
  42     return null;
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public Regex getAccessionValidator()
  47   {
  48     return null;
  49   }
  50
  51
  52   @Override
  53   public String getTestQuery()
  54   {
  55     // TODO Auto-generated method stub
  56     return "http://www.flymine.org/query/service/jbrowse/7227/features/2L?start=100000&end=100200&reference=true";
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public boolean isValidReference(String accession)
  61   {
  62     return false;
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public AlignmentI getSequenceRecords(String query) throws Exception
  67   {
  68     startQuery();
  69     String jsonString = IntermineFetchClient.fetchData(query);
  70
  71     Object sequenceString = "";
  72     System.out.println("Found json: " + jsonString);
  73     org.json.simple.parser.JSONParser jsonParser = new org.json.simple.parser.JSONParser();
  74     try
  75     {
  76       JSONObject jobj = (JSONObject) jsonParser.parse(jsonString);
  77       JSONArray responses = (JSONArray) jobj.get("features");
  78       for (Iterator<JSONObject> rvals = responses.iterator(); rvals
  79               .hasNext();)
  80       {
  81         JSONObject feature = rvals.next();
  82         Object seq = feature.get("seq");
  83         System.out.println("Sequence : " + seq.toString());
  84       }
  85     } catch (Exception e)
  86     {
  87       e.printStackTrace();
  88     }
  89     stopQuery();
  90     return parseResult(sequenceString.toString());
  91   }
  92
  93   @Override
  94   protected Alignment parseResult(String result) throws Exception
  95   {
  96     Alignment sequences = null;
  97     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
  98     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
  99     {
 100       sequences = new FormatAdapter().readFile(result, "Paste",
 101               format);
 102     }
 103     return sequences;
 104   }
 105
 106
 107
 108
 109
 110   @Override
 111   public int getTier()
 112   {
 113     return 0;
 114   }
 115
 116 }