src/jalview/ws/dbsources/Pfam.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  25 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  26 import jalview.io.DataSourceType;
  27 import jalview.io.FileFormat;
  28 import jalview.io.FormatAdapter;
  29
  30 import com.stevesoft.pat.Regex;
  31
  32 /**
  33  * TODO: later PFAM is a complex datasource - it could return a tree in addition
  34  * to an alignment TODO: create interface to pass alignment properties and tree
  35  * back to sequence fetcher
  36  *
  37  * @author JimP
  38  *
  39  */
  40 abstract public class Pfam extends Xfam
  41 {
  42
  43   public Pfam()
  44   {
  45     super();
  46   }
  47
  48   /*
  49    * (non-Javadoc)
  50    *
  51    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionSeparator()
  52    */
  53   @Override
  54   public String getAccessionSeparator()
  55   {
  56     // TODO Auto-generated method stub
  57     return null;
  58   }
  59
  60   /*
  61    * (non-Javadoc)
  62    *
  63    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getAccessionValidator()
  64    */
  65   @Override
  66   public Regex getAccessionValidator()
  67   {
  68     // TODO Auto-generated method stub
  69     return null;
  70   }
  71
  72   /*
  73    * (non-Javadoc)
  74    *
  75    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource() public String getDbSource() { *
  76    * this doesn't work - DbSource is key for the hash of DbSourceProxy instances
  77    * - 1:many mapping for DbSource to proxy will be lost. * suggest : PFAM is an
  78    * 'alignment' source - means proxy is higher level than a sequence source.
  79    * return jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM; }
  80    */
  81
  82   /*
  83    * (non-Javadoc)
  84    *
  85    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSourceProperties() public Hashtable
  86    * getDbSourceProperties() {
  87    *
  88    * return null; }
  89    */
  90
  91   /*
  92    * (non-Javadoc)
  93    *
  94    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbVersion()
  95    */
  96   @Override
  97   public String getDbVersion()
  98   {
  99     // TODO Auto-generated method stub
 100     return null;
 101   }
 102
 103   /**
 104    * Returns base URL for selected Pfam alignment type
 105    *
 106    * @return PFAM URL stub for this DbSource
 107    */
 108   @Override
 109   protected abstract String getXFAMURL();
 110
 111   /*
 112    * (non-Javadoc)
 113    *
 114    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
 115    */
 116   @Override
 117   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
 118   {
 119     // TODO: this is not a perfect implementation. We need to be able to add
 120     // individual references to each sequence in each family alignment that's
 121     // retrieved.
 122     startQuery();
 123     AlignmentI rcds = new FormatAdapter().readFile(getXFAMURL()
 124             + queries.trim().toUpperCase(), DataSourceType.URL,
 125             FileFormat.Stockholm);
 126     for (int s = 0, sNum = rcds.getHeight(); s < sNum; s++)
 127     {
 128       rcds.getSequenceAt(s).addDBRef(new DBRefEntry(DBRefSource.PFAM,
 129       // getDbSource(),
 130               getDbVersion(), queries.trim().toUpperCase()));
 131       if (!getDbSource().equals(DBRefSource.PFAM))
 132       { // add the specific ref too
 133         rcds.getSequenceAt(s).addDBRef(
 134                 new DBRefEntry(getDbSource(), getDbVersion(), queries
 135                         .trim().toUpperCase()));
 136       }
 137     }
 138     stopQuery();
 139     return rcds;
 140   }
 141
 142   /*
 143    * (non-Javadoc)
 144    *
 145    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#isValidReference(java.lang.String)
 146    */
 147   @Override
 148   public boolean isValidReference(String accession)
 149   {
 150     return accession.indexOf("PF") == 0;
 151   }
 152
 153   /*
 154    * public String getDbName() { return "PFAM"; // getDbSource(); }
 155    */
 156
 157   @Override
 158   public String getXfamSource()
 159   {
 160     return DBRefSource.PFAM;
 161   }
 162
 163 }