src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  24
  25 /**
  26  * flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from PFAM
  27  *
  28  */
  29 public class PfamFull extends Pfam implements DbSourceProxy
  30 {
  31   public PfamFull()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   /*
  37    * (non-Javadoc)
  38    *
  39    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()
  40    */
  41   protected String getXFAMURL()
  42   {
  43     return "http://pfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";
  44   }
  45
  46   /*
  47    * (non-Javadoc)
  48    *
  49    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  50    */
  51   public String getDbName()
  52   {
  53     return "PFAM (Full)";
  54   }
  55
  56   public String getDbSource()
  57   {
  58     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  59   }
  60
  61   public String getTestQuery()
  62   {
  63     return "PF03760";
  64   }
  65
  66   public String getDbVersion()
  67   {
  68     return null;
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public int getTier()
  73   {
  74     return 0;
  75   }
  76 }