src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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   6  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  21
  22 /**
  23  * flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from PFAM
  24  *
  25  */
  26 public class PfamFull extends Pfam implements DbSourceProxy
  27 {
  28   public PfamFull()
  29   {
  30     super();
  31   }
  32
  33   /*
  34    * (non-Javadoc)
  35    *
  36    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()
  37    */
  38   protected String getXFAMURL()
  39   {
  40     return "http://pfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";
  41   }
  42
  43   /*
  44    * (non-Javadoc)
  45    *
  46    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  47    */
  48   public String getDbName()
  49   {
  50     return "PFAM (Full)";
  51   }
  52
  53   public String getDbSource()
  54   {
  55     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  56   }
  57
  58   public String getTestQuery()
  59   {
  60     return "PF03760";
  61   }
  62
  63   public String getDbVersion()
  64   {
  65     return null;
  66   }
  67
  68    @Override
  69   public int getTier()
  70   {
  71     return 0;
  72   }
  73 }