src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 /**
  24  * flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from PFAM
  25  *
  26  */
  27 public class PfamFull extends Pfam
  28 {
  29   public PfamFull()
  30   {
  31     super();
  32   }
  33
  34   /*
  35    * (non-Javadoc)
  36    *
  37    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()
  38    */
  39   @Override
  40   protected String getXFAMURL()
  41   {
  42     return "http://pfam.xfam.org/family/alignment/download/format?alnType=full&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";
  43   }
  44
  45   /*
  46    * (non-Javadoc)
  47    *
  48    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  49    */
  50   @Override
  51   public String getDbName()
  52   {
  53     return "PFAM (Full)";
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public String getDbSource()
  58   {
  59     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  60   }
  61
  62   @Override
  63   public String getTestQuery()
  64   {
  65     return "PF03760";
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public String getDbVersion()
  70   {
  71     return null;
  72   }
  73
  74   @Override
  75   public int getTier()
  76   {
  77     return 0;
  78   }
  79 }