src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23
  24 /**
  25  * flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from PFAM
  26  *
  27  */
  28 public class PfamFull extends Pfam
  29 {
  30   public PfamFull()
  31   {
  32     super();
  33   }
  34
  35   /*
  36    * (non-Javadoc)
  37    *
  38    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()
  39    */
  40   @Override
  41   protected String getXFAMURL()
  42   {
  43     return "http://pfam.xfam.org/family/alignment/download/format?alnType=full&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";
  44   }
  45
  46   /*
  47    * (non-Javadoc)
  48    *
  49    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  50    */
  51   @Override
  52   public String getDbName()
  53   {
  54     return "PFAM (Full)";
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public String getDbSource()
  59   {
  60     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public String getTestQuery()
  65   {
  66     return "PF03760";
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public String getDbVersion()
  71   {
  72     return null;
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public int getTier()
  77   {
  78     return 0;
  79   }
  80 }