src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.ws.dbsources;\r
  19 \r
  20 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  21 \r
  22 /**\r
  23  * flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from PFAM\r
  24  * \r
  25  */\r
  26 public class PfamFull extends Pfam implements DbSourceProxy\r
  27 {\r
  28   public PfamFull()\r
  29   {\r
  30     super();\r
  31   }\r
  32 \r
  33   /*\r
  34    * (non-Javadoc)\r
  35    * \r
  36    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()\r
  37    */\r
  38   protected String getXFAMURL()\r
  39   {\r
  40     return "http://pfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";\r
  41   }\r
  42 \r
  43   /*\r
  44    * (non-Javadoc)\r
  45    * \r
  46    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()\r
  47    */\r
  48   public String getDbName()\r
  49   {\r
  50     return "PFAM (Full)";\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public String getDbSource()\r
  54   {\r
  55     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public String getTestQuery()\r
  59   {\r
  60     return "PF03760";\r
  61   }\r
  62 \r
  63 public String getDbVersion() {\r
  64         return null;\r
  65 }\r
  66 \r
  67 }\r