src/jalview/ws/dbsources/PfamFull.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  24
  25 /**
  26  * flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from PFAM
  27  *
  28  */
  29 public class PfamFull extends Pfam implements DbSourceProxy
  30 {
  31   public PfamFull()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   /*
  37    * (non-Javadoc)
  38    *
  39    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()
  40    */
  41   @Override
  42   protected String getXFAMURL()
  43   {
  44     return "http://pfam.xfam.org/family/alignment/download/format?alnType=full&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";
  45   }
  46
  47   /*
  48    * (non-Javadoc)
  49    *
  50    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  51    */
  52   @Override
  53   public String getDbName()
  54   {
  55     return "PFAM (Full)";
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public String getDbSource()
  60   {
  61     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public String getTestQuery()
  66   {
  67     return "PF03760";
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public String getDbVersion()
  72   {
  73     return null;
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public int getTier()
  78   {
  79     return 0;
  80   }
  81 }