src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 /**
  24  * flyweight class specifying retrieval of Seed alignments from PFAM
  25  *
  26  * @author JimP
  27  *
  28  */
  29 public class PfamSeed extends Pfam
  30 {
  31   public PfamSeed()
  32   {
  33     super();
  34     alignmentType = SEED;
  35   }
  36
  37   /*
  38    * (non-Javadoc)
  39    *
  40    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  41    */
  42   @Override
  43   public String getDbName()
  44   {
  45     return "PFAM (Seed)";
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public String getDbSource()
  50   {
  51     return jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM; // archetype source
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public String getTestQuery()
  56   {
  57     return "PF03760";
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public int getTier()
  62   {
  63     return 0;
  64   }
  65 }