src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.ws.dbsources;\r
  19 \r
  20 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  21 \r
  22 /**\r
  23  * flyweight class specifying retrieval of Seed alignments from PFAM\r
  24  * \r
  25  * @author JimP\r
  26  * \r
  27  */\r
  28 public class PfamSeed extends Pfam implements DbSourceProxy\r
  29 {\r
  30   public PfamSeed()\r
  31   {\r
  32     super();\r
  33   }\r
  34 \r
  35   /*\r
  36    * (non-Javadoc)\r
  37    * \r
  38    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()\r
  39    */\r
  40   protected String getXFAMURL()\r
  41   {\r
  42     return "http://pfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=seed&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";\r
  43   }\r
  44 \r
  45   /*\r
  46    * (non-Javadoc)\r
  47    * \r
  48    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()\r
  49    */\r
  50   public String getDbName()\r
  51   {\r
  52     return "PFAM (Seed)";\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public String getDbSource()\r
  56   {\r
  57     return jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM; // archetype source\r
  58   }\r
  59 \r
  60   public String getTestQuery()\r
  61   {\r
  62     return "PF03760";\r
  63   }\r
  64 \r
  65 }\r