src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

   1 /*
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  18  */
  19 package jalview.ws.dbsources;
  20
  21 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  22
  23 /**
  24  * flyweight class specifying retrieval of Seed alignments from PFAM
  25  *
  26  * @author JimP
  27  *
  28  */
  29 public class PfamSeed extends Pfam implements DbSourceProxy
  30 {
  31   public PfamSeed()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   /*
  37    * (non-Javadoc)
  38    *
  39    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()
  40    */
  41   protected String getXFAMURL()
  42   {
  43     return "http://pfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=seed&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";
  44   }
  45
  46   /*
  47    * (non-Javadoc)
  48    *
  49    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  50    */
  51   public String getDbName()
  52   {
  53     return "PFAM (Seed)";
  54   }
  55
  56   public String getDbSource()
  57   {
  58     return jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM; // archetype source
  59   }
  60
  61   public String getTestQuery()
  62   {
  63     return "PF03760";
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public int getTier()
  68   {
  69     return 0;
  70   }
  71 }