src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 /**
  24  * flyweight class specifying retrieval of Seed alignments from PFAM
  25  *
  26  * @author JimP
  27  *
  28  */
  29 public class PfamSeed extends Pfam
  30 {
  31   public PfamSeed()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   /*
  37    * (non-Javadoc)
  38    *
  39    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()
  40    */
  41   @Override
  42   protected String getXFAMURL()
  43   {
  44     return "http://pfam.xfam.org/family/alignment/download/format?alnType=seed&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";
  45   }
  46
  47   /*
  48    * (non-Javadoc)
  49    *
  50    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  51    */
  52   @Override
  53   public String getDbName()
  54   {
  55     return "PFAM (Seed)";
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public String getDbSource()
  60   {
  61     return jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM; // archetype source
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public String getTestQuery()
  66   {
  67     return "PF03760";
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public int getTier()
  72   {
  73     return 0;
  74   }
  75 }