src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  21
  22 /**
  23  * flyweight class specifying retrieval of Seed alignments from PFAM
  24  *
  25  * @author JimP
  26  *
  27  */
  28 public class PfamSeed extends Pfam implements DbSourceProxy
  29 {
  30   public PfamSeed()
  31   {
  32     super();
  33   }
  34
  35   /*
  36    * (non-Javadoc)
  37    *
  38    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()
  39    */
  40   protected String getXFAMURL()
  41   {
  42     return "http://pfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=seed&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";
  43   }
  44
  45   /*
  46    * (non-Javadoc)
  47    *
  48    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  49    */
  50   public String getDbName()
  51   {
  52     return "PFAM (Seed)";
  53   }
  54
  55   public String getDbSource()
  56   {
  57     return jalview.datamodel.DBRefSource.PFAM; // archetype source
  58   }
  59
  60   public String getTestQuery()
  61   {
  62     return "PF03760";
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public int getTier()
  67   {
  68     return 0;
  69   }
  70 }