src/jalview/ws/dbsources/PfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  24 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  25
  26 /**
  27  * flyweight class specifying retrieval of Seed alignments from PFAM
  28  *
  29  * @author JimP
  30  *
  31  */
  32 public class PfamSeed extends Pfam implements DbSourceProxy
  33 {
  34   public PfamSeed()
  35   {
  36     super();
  37   }
  38
  39   /*
  40    * (non-Javadoc)
  41    *
  42    * @see jalview.ws.dbsources.Pfam#getPFAMURL()
  43    */
  44   protected String getXFAMURL()
  45   {
  46     return "http://pfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=seed&format=stockholm&order=t&case=l&gaps=default&entry=";
  47   }
  48
  49   /*
  50    * (non-Javadoc)
  51    *
  52    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  53    */
  54   public String getDbName()
  55   {
  56     return "PFAM (Seed)";
  57   }
  58
  59   public String getDbSource()
  60   {
  61     return DBRefSource.PFAM; // archetype source
  62   }
  63
  64   public String getTestQuery()
  65   {
  66     return "PF03760";
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public int getTier()
  71   {
  72     return 0;
  73   }
  74 }