src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  24
  25 /**
  26  * Flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from RFAM
  27  *
  28  * @author Lauren Michelle Lui
  29  *
  30  */
  31 public class RfamFull extends Rfam implements DbSourceProxy
  32 {
  33   public RfamFull()
  34   {
  35     super();
  36   }
  37
  38   /*
  39    * (non-Javadoc)
  40    *
  41    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getXFAMURL()
  42    */
  43   protected String getXFAMURL()
  44   {
  45     return "http://rfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&nseLabels=0&format=stockholm&acc=";
  46   }
  47
  48   /*
  49    * (non-Javadoc)
  50    *
  51    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  52    */
  53   public String getDbName()
  54   {
  55     return "RFAM (Full)";
  56   }
  57
  58   public String getDbSource()
  59   {
  60     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  61   }
  62
  63   public String getTestQuery()
  64   {
  65     // Can be retrieved from http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  66     // or
  67     // http://rfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&nseLabels=0&format=stockholm&acc=RF00014
  68     return "RF00014";
  69   }
  70
  71   public String getDbVersion()
  72   {
  73     return null;
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public int getTier()
  78   {
  79     return 0;
  80   }
  81 }