src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
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  15  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  21
  22 /**
  23  * Flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from RFAM
  24  *
  25  * @author Lauren Michelle Lui
  26  *
  27  */
  28 public class RfamFull extends Rfam implements DbSourceProxy
  29 {
  30   public RfamFull()
  31   {
  32     super();
  33   }
  34
  35   /*
  36    * (non-Javadoc)
  37    *
  38    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getXFAMURL()
  39    */
  40   protected String getXFAMURL()
  41   {
  42     return "http://rfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&nseLabels=0&format=stockholm&acc=";
  43   }
  44
  45   /*
  46    * (non-Javadoc)
  47    *
  48    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  49    */
  50   public String getDbName()
  51   {
  52     return "RFAM (Full)";
  53   }
  54
  55   public String getDbSource()
  56   {
  57     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  58   }
  59
  60   public String getTestQuery()
  61   {
  62     // Can be retrieved from http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  63     // or
  64     // http://rfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&nseLabels=0&format=stockholm&acc=RF00014
  65     return "RF00014";
  66   }
  67
  68   public String getDbVersion()
  69   {
  70     return null;
  71   }
  72
  73   @Override
  74   public int getTier()
  75   {
  76     return 0;
  77   }
  78 }