src/jalview/ws/dbsources/RfamFull.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 /**
  24  * Flyweight class specifying retrieval of Full family alignments from RFAM
  25  *
  26  * @author Lauren Michelle Lui
  27  *
  28  */
  29 public class RfamFull extends Rfam
  30 {
  31   public RfamFull()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   /*
  37    * (non-Javadoc)
  38    *
  39    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getXFAMURL()
  40    */
  41   @Override
  42   protected String getXFAMURL()
  43   {
  44     return "http://rfam.xfam.org/family/alignment/download/format?alnType=full&nseLabels=0&format=stockholm&acc=";
  45
  46   }
  47
  48   /*
  49    * (non-Javadoc)
  50    *
  51    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  52    */
  53   @Override
  54   public String getDbName()
  55   {
  56     return "RFAM (Full)";
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public String getDbSource()
  61   {
  62     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public String getTestQuery()
  67   {
  68     // Can be retrieved from http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  69     // or
  70     // http://rfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=full&nseLabels=0&format=stockholm&acc=RF00014
  71     return "RF00014";
  72   }
  73
  74   @Override
  75   public String getDbVersion()
  76   {
  77     return null;
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public int getTier()
  82   {
  83     return 0;
  84   }
  85 }