src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  18  */
  19 package jalview.ws.dbsources;
  20
  21 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  22
  23 /**
  24  * Flyweight class specifying retrieval of Seed family alignments from RFAM
  25  *
  26  * @author Lauren Michelle Lui
  27  *
  28  */
  29 public class RfamSeed extends Rfam implements DbSourceProxy
  30 {
  31   public RfamSeed()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   /*
  37    * (non-Javadoc)
  38    *
  39    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getRFAMURL()
  40    */
  41   protected String getXFAMURL()
  42   {
  43     return "http://rfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=seed&nseLabels=0&format=stockholm&acc=";
  44     // Janelia Farms url
  45     // "http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getalignment?type=seed&fmt=stockholm&acc=";
  46   }
  47
  48   /*
  49    * (non-Javadoc)
  50    *
  51    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  52    */
  53   public String getDbName()
  54   {
  55     return "RFAM (Seed)";
  56   }
  57
  58   public String getDbSource()
  59   {
  60     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  61   }
  62
  63   public String getTestQuery()
  64   {
  65     return "RF00014";
  66   } // http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  67
  68   public String getDbVersion()
  69   {
  70     return null;
  71   }
  72
  73   @Override
  74   public int getTier()
  75   {
  76     return 0;
  77   }
  78 }