src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
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  15  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.dbsources;
  19
  20 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  21
  22 /**
  23  * Flyweight class specifying retrieval of Seed family alignments from RFAM
  24  *
  25  * @author Lauren Michelle Lui
  26  *
  27  */
  28 public class RfamSeed extends Rfam implements DbSourceProxy
  29 {
  30   public RfamSeed()
  31   {
  32     super();
  33   }
  34
  35   /*
  36    * (non-Javadoc)
  37    *
  38    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getRFAMURL()
  39    */
  40   protected String getXFAMURL()
  41   {
  42     return "http://rfam.sanger.ac.uk/family/alignment/download/format?alnType=seed&nseLabels=0&format=stockholm&acc=";
  43     // Janelia Farms url
  44     // "http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getalignment?type=seed&fmt=stockholm&acc=";
  45   }
  46
  47   /*
  48    * (non-Javadoc)
  49    *
  50    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  51    */
  52   public String getDbName()
  53   {
  54     return "RFAM (Seed)";
  55   }
  56
  57   public String getDbSource()
  58   {
  59     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  60   }
  61
  62   public String getTestQuery()
  63   {
  64     return "RF00014";
  65   } // http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  66
  67   public String getDbVersion()
  68   {
  69     return null;
  70   }
  71
  72 }