src/jalview/ws/dbsources/RfamSeed.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 /**
  24  * Flyweight class specifying retrieval of Seed family alignments from RFAM
  25  *
  26  * @author Lauren Michelle Lui
  27  *
  28  */
  29 public class RfamSeed extends Rfam
  30 {
  31   public RfamSeed()
  32   {
  33     super();
  34   }
  35
  36   /*
  37    * (non-Javadoc)
  38    *
  39    * @see jalview.ws.dbsources.Rfam#getRFAMURL()
  40    */
  41   @Override
  42   protected String getXFAMURL()
  43   {
  44     return "http://rfam.xfam.org/family/";
  45   }
  46
  47   @Override
  48   public String getXFAMURLSUFFIX()
  49   {
  50   }
  51
  52   /*
  53    * (non-Javadoc)
  54    *
  55    * @see jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy#getDbName()
  56    */
  57   @Override
  58   public String getDbName()
  59   {
  60     return "RFAM (Seed)";
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public String getDbSource()
  65   {
  66     return getDbName(); // so we have unique DbSource string.
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public String getTestQuery()
  71   {
  72     return "RF00014";
  73   } // http://rfam.janelia.org/cgi-bin/getdesc?acc=RF00014
  74
  75   @Override
  76   public String getDbVersion()
  77   {
  78     return null;
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public int getTier()
  83   {
  84     return 0;
  85   }
  86 }