src/jalview/ws/dbsources/Xfam.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  28 import jalview.io.DataSourceType;
  29 import jalview.io.FileFormat;
  30 import jalview.io.FormatAdapter;
  31 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxyImpl;
  32
  33 /**
  34  * Acts as a superclass for the Rfam and Pfam classes
  35  *
  36  * @author Lauren Michelle Lui
  37  *
  38  */
  39 public abstract class Xfam extends DbSourceProxyImpl
  40 {
  41   public Xfam()
  42   {
  43     super();
  44   }
  45
  46   /**
  47    * the base URL for this Xfam-like service
  48    *
  49    * @return
  50    */
  51   protected abstract String getURLPrefix();
  52
  53   @Override
  54   public abstract String getDbVersion();
  55
  56   abstract String getXfamSource();
  57
  58   @Override
  59   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  60   {
  61     // TODO: this is not a perfect implementation. We need to be able to add
  62     // individual references to each sequence in each family alignment that's
  63     // retrieved.
  64     startQuery();
  65     // TODO: trap HTTP 404 exceptions and return null
  66     String xfamUrl = getURL(queries);
  67
  68     Cache.debug("XFAM URL for retrieval is: " + xfamUrl);
  69
  70     AlignmentI rcds = new FormatAdapter().readFile(xfamUrl,
  71             DataSourceType.URL, FileFormat.Stockholm);
  72
  73     for (int s = 0, sNum = rcds.getHeight(); s < sNum; s++)
  74     {
  75       rcds.getSequenceAt(s).addDBRef(new DBRefEntry(getXfamSource(),
  76               // getDbSource(),
  77               getDbVersion(), queries.trim().toUpperCase(Locale.ROOT)));
  78       if (!getDbSource().equals(getXfamSource()))
  79       { // add the specific ref too
  80         rcds.getSequenceAt(s).addDBRef(new DBRefEntry(getDbSource(),
  81                 getDbVersion(), queries.trim().toUpperCase(Locale.ROOT)));
  82       }
  83     }
  84     stopQuery();
  85     return rcds;
  86   }
  87
  88   String getURL(String queries)
  89   {
  90     return getURLPrefix() + "/family/" + queries.trim().toUpperCase(Locale.ROOT)
  91             + getURLSuffix();
  92   }
  93
  94   /**
  95    * Pfam and Rfam provide alignments
  96    */
  97   @Override
  98   public boolean isAlignmentSource()
  99   {
 100     return true;
 101   }
 102
 103   /**
 104    * default suffix to append the retrieval URL for this source.
 105    *
 106    * @return "" for most Xfam sources
 107    */
 108   public String getURLSuffix()
 109   {
 110     return "";
 111   }
 112
 113 }