src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.ws.dbsources.das;\r
  19 \r
  20 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  21 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  22 import jalview.datamodel.DBRefEntry;\r
  23 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  25 import jalview.ws.dbsources.DasSequenceSource;\r
  26 \r
  27 import org.biojava.dasobert.eventmodel.SequenceEvent;\r
  28 import org.biojava.dasobert.eventmodel.SequenceListener;\r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * Listen for sequence fetch events from a dasobert SequenceThread started with\r
  32  * a query string and collect sequences returned from the DAS sequence source.\r
  33  * \r
  34  * @author JimP\r
  35  * \r
  36  */\r
  37 public class DasSequenceSourceListener implements SequenceListener\r
  38 {\r
  39 \r
  40   String ourAccession = null;\r
  41 \r
  42   DasSequenceSource oursource = null;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * \r
  46    * @param source\r
  47    *          the DAS Sequence DbProxy object containing database details for\r
  48    *          this source\r
  49    * @param query\r
  50    *          the query string sent to the das source that we should be\r
  51    *          listening for.\r
  52    */\r
  53   public DasSequenceSourceListener(DasSequenceSource source, String query)\r
  54   {\r
  55     oursource = source;\r
  56     ourAccession = query;\r
  57   }\r
  58 \r
  59   public void clearSelection()\r
  60   {\r
  61     // TODO Auto-generated method stub\r
  62 \r
  63   }\r
  64 \r
  65   java.util.Vector seqs = null;\r
  66 \r
  67   public void newSequence(SequenceEvent e)\r
  68   {\r
  69     if (!e.getAccessionCode().equals(ourAccession))\r
  70     {\r
  71       System.err\r
  72               .println("Warning - received sequence event for strange accession code ("\r
  73                       + e.getAccessionCode()\r
  74                       + ") - we expected "\r
  75                       + ourAccession);\r
  76 \r
  77       return;\r
  78     }\r
  79     if (seqs == null)\r
  80     {\r
  81       if (e.getSequence().length() == 0)\r
  82       {\r
  83         System.err.println("Empty sequence returned for accession code ("\r
  84                 + e.getAccessionCode() + ") from " + oursource.getDbName());\r
  85         called = true;\r
  86         noSequences = true;\r
  87         return;\r
  88       }\r
  89       seqs = new java.util.Vector();\r
  90     }\r
  91     Sequence sq = new Sequence(e.getAccessionCode(), e.getSequence());\r
  92     sq.addDBRef(new DBRefEntry(oursource.getDbSource(), oursource\r
  93             .getDbVersion() + ":" + e.getVersion(), e.getAccessionCode()));\r
  94     seqs.addElement(sq);\r
  95     called = true;\r
  96   }\r
  97 \r
  98   public void selectedSeqPosition(int position)\r
  99   {\r
 100     // TODO Auto-generated method stub\r
 101 \r
 102   }\r
 103 \r
 104   public void selectedSeqRange(int start, int end)\r
 105   {\r
 106     // TODO Auto-generated method stub\r
 107 \r
 108   }\r
 109 \r
 110   public void selectionLocked(boolean flag)\r
 111   {\r
 112     // TODO Auto-generated method stub\r
 113 \r
 114   }\r
 115 \r
 116   public void newObjectRequested(String accessionCode)\r
 117   {\r
 118     // TODO Auto-generated method stub\r
 119 \r
 120   }\r
 121 \r
 122   boolean noSequences = false;\r
 123 \r
 124   public void noObjectFound(String accessionCode)\r
 125   {\r
 126     if (accessionCode.equals(ourAccession))\r
 127     {\r
 128       noSequences = true;\r
 129       called = true;\r
 130     }\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public boolean hasNoSequences()\r
 134   {\r
 135     return noSequences;\r
 136   }\r
 137 \r
 138   boolean called = false;\r
 139 \r
 140   public boolean isNotCalled()\r
 141   {\r
 142     return !called;\r
 143   }\r
 144 \r
 145   public AlignmentI getSequences()\r
 146   {\r
 147     if (noSequences || seqs != null && seqs.size() == 0)\r
 148       return null;\r
 149     SequenceI[] sqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
 150     for (int i = 0, iSize = seqs.size(); i < iSize; i++)\r
 151     {\r
 152       sqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
 153     }\r
 154     Alignment al = new Alignment(sqs);\r
 155     if (oursource.getSource().hasCapability("features"))\r
 156     {\r
 157       java.util.Vector src = new java.util.Vector();\r
 158       src.addElement(oursource.getSource());\r
 159       new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(sqs, null, src, false, false);\r
 160     }\r
 161 \r
 162     return al;\r
 163   }\r
 164 \r
 165 }\r