src/jalview/ws/dbsources/das/DasSequenceSourceListener.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.ws.dbsources.das;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  22 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  23 import jalview.datamodel.DBRefEntry;\r
  24 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  26 import jalview.ws.dbsources.DasSequenceSource;\r
  27 \r
  28 import org.biojava.dasobert.eventmodel.SequenceEvent;\r
  29 import org.biojava.dasobert.eventmodel.SequenceListener;\r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * Listen for sequence fetch events from a dasobert SequenceThread started with\r
  33  * a query string and collect sequences returned from the DAS sequence source.\r
  34  * \r
  35  * @author JimP\r
  36  * \r
  37  */\r
  38 public class DasSequenceSourceListener implements SequenceListener\r
  39 {\r
  40 \r
  41   String ourAccession = null;\r
  42 \r
  43   DasSequenceSource oursource = null;\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * \r
  47    * @param source\r
  48    *                the DAS Sequence DbProxy object containing database details\r
  49    *                for this source\r
  50    * @param query\r
  51    *                the query string sent to the das source that we should be\r
  52    *                listening for.\r
  53    */\r
  54   public DasSequenceSourceListener(DasSequenceSource source, String query)\r
  55   {\r
  56     oursource = source;\r
  57     ourAccession = query;\r
  58   }\r
  59 \r
  60   public void clearSelection()\r
  61   {\r
  62     // TODO Auto-generated method stub\r
  63 \r
  64   }\r
  65 \r
  66   java.util.Vector seqs = null;\r
  67 \r
  68   public void newSequence(SequenceEvent e)\r
  69   {\r
  70     if (!e.getAccessionCode().equals(ourAccession))\r
  71     {\r
  72       System.err\r
  73               .println("Warning - received sequence event for strange accession code ("\r
  74                       + e.getAccessionCode()\r
  75                       + ") - we expected "\r
  76                       + ourAccession);\r
  77 \r
  78       return;\r
  79     }\r
  80     if (seqs == null)\r
  81     {\r
  82       if (e.getSequence().length() == 0)\r
  83       {\r
  84         System.err.println("Empty sequence returned for accession code ("\r
  85                 + e.getAccessionCode() + ") from " + oursource.getDbName());\r
  86         called = true;\r
  87         noSequences = true;\r
  88         return;\r
  89       }\r
  90       seqs = new java.util.Vector();\r
  91     }\r
  92     Sequence sq = new Sequence(e.getAccessionCode(), e.getSequence());\r
  93     sq.addDBRef(new DBRefEntry(oursource.getDbSource(), oursource\r
  94             .getDbVersion()\r
  95             + ":" + e.getVersion(), e.getAccessionCode()));\r
  96     seqs.addElement(sq);\r
  97     called = true;\r
  98   }\r
  99 \r
 100   public void selectedSeqPosition(int position)\r
 101   {\r
 102     // TODO Auto-generated method stub\r
 103 \r
 104   }\r
 105 \r
 106   public void selectedSeqRange(int start, int end)\r
 107   {\r
 108     // TODO Auto-generated method stub\r
 109 \r
 110   }\r
 111 \r
 112   public void selectionLocked(boolean flag)\r
 113   {\r
 114     // TODO Auto-generated method stub\r
 115 \r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void newObjectRequested(String accessionCode)\r
 119   {\r
 120     // TODO Auto-generated method stub\r
 121 \r
 122   }\r
 123 \r
 124   boolean noSequences = false;\r
 125 \r
 126   public void noObjectFound(String accessionCode)\r
 127   {\r
 128     if (accessionCode.equals(ourAccession))\r
 129     {\r
 130       noSequences = true;\r
 131       called = true;\r
 132     }\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public boolean hasNoSequences()\r
 136   {\r
 137     return noSequences;\r
 138   }\r
 139 \r
 140   boolean called = false;\r
 141 \r
 142   public boolean isNotCalled()\r
 143   {\r
 144     return !called;\r
 145   }\r
 146 \r
 147   public AlignmentI getSequences()\r
 148   {\r
 149     if (noSequences || seqs != null && seqs.size() == 0)\r
 150       return null;\r
 151     SequenceI[] sqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
 152     for (int i = 0, iSize = seqs.size(); i < iSize; i++)\r
 153     {\r
 154       sqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
 155     }\r
 156     Alignment al = new Alignment(sqs);\r
 157     if (oursource.getSource().hasCapability("features"))\r
 158     {\r
 159       java.util.Vector src = new java.util.Vector();\r
 160       src.addElement(oursource.getSource());\r
 161       new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(sqs, null, src, false, false);\r
 162     }\r
 163 \r
 164     return al;\r
 165   }\r
 166 \r
 167 }\r