src/jalview/ws/dbsources/das/datamodel/JalviewSource.java

   1 package jalview.ws.dbsources.das.datamodel;
   2
   3 import java.text.ParseException;
   4 import java.util.ArrayList;
   5 import java.util.Date;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import org.biodas.jdas.dassources.Capabilities;
   9 import org.biodas.jdas.dassources.utils.DasTimeFormat;
  10 import org.biodas.jdas.dassources.utils.RegistrySourceAdapter;
  11 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  12 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  13 import org.biodas.jdas.schema.sources.MAINTAINER;
  14 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  15 import org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCE;
  16 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  17
  18 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  19 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  20
  21 public class JalviewSource implements jalviewSourceI
  22 {
  23   SOURCE source;
  24
  25   public JalviewSource(SOURCE local2, boolean local)
  26   {
  27     this.local = local;
  28     source = local2;
  29   }
  30
  31   @Override
  32   public String getTitle()
  33   {
  34     return source.getTitle();
  35   }
  36
  37   @Override
  38   public VERSION getVersion()
  39   {
  40
  41     return getVersionFor(source);
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public String getDocHref()
  46   {
  47     return source.getDocHref();
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public String getDescription()
  52   {
  53     return source.getDescription();
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public String getUri()
  58   {
  59     return source.getUri();
  60   }
  61
  62   @Override
  63   public MAINTAINER getMAINTAINER()
  64   {
  65     return source.getMAINTAINER();
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public String getEmail()
  70   {
  71     return (local) ? null: source.getMAINTAINER().getEmail();
  72   }
  73
  74   boolean local = false;
  75
  76   @Override
  77   public boolean isLocal()
  78   {
  79     return local;
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public boolean isSequenceSource()
  84   {
  85     String seqcap = "das1:" + Capabilities.SEQUENCE.getName();
  86     for (String cp : getCapabilityList(getVersionFor(source)))
  87     {
  88       if (cp.equals(seqcap))
  89       {
  90         return true;
  91
  92       }
  93     }
  94     return false;
  95   }
  96   @Override
  97   public boolean isFeatureSource()
  98   {
  99     String seqcap = "das1:" + Capabilities.FEATURES.getName();
 100     for (String cp : getCapabilityList(getVersionFor(source)))
 101     {
 102       if (cp.equals(seqcap))
 103       {
 104         return true;
 105
 106       }
 107     }
 108     return false;
 109   }
 110
 111   private VERSION getVersionFor(SOURCE ds)
 112   {
 113     VERSION latest = null;
 114     for (VERSION v : ds.getVERSION())
 115     {
 116       if (latest == null
 117               || isLaterThan(latest.getCreated(), v.getCreated()))
 118       {
 119         // TODO: das 1.6 - should just get the first version - ignore other
 120         // versions since not specified how to construct URL from version's URI
 121         // + source URI
 122         latest = v;
 123       }
 124     }
 125     return latest;
 126   }
 127
 128   private boolean isLaterThan(String ref, String newer)
 129   {
 130     Date refdate = null, newdate = null;
 131     try
 132     {
 133       refdate = DasTimeFormat.fromDASString(ref);
 134
 135     } catch (ParseException x)
 136     {
 137       return false;
 138     }
 139     try
 140     {
 141       newdate = DasTimeFormat.fromDASString(newer);
 142     } catch (ParseException e)
 143     {
 144       // TODO: handle exception
 145     }
 146     if (refdate != null)
 147     {
 148       if (newdate != null)
 149       {
 150         return refdate.before(newdate);
 151       }
 152       return false;
 153     }
 154     if (newdate != null)
 155     {
 156       return true;
 157     }
 158     // assume first instance of source is newest in list. - TODO: check if
 159     // natural ordering of source versions is newest first or oldest first
 160     return false;
 161   }
 162
 163   public String[] getLabelsFor(VERSION v)
 164   {
 165     ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>();
 166     for (PROP p : v.getPROP())
 167     {
 168       if (p.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 169       {
 170         labels.add(p.getValue());
 171       }
 172     }
 173     return labels.toArray(new String[0]);
 174   }
 175
 176   private CAPABILITY getCapability(Capabilities capability) {
 177     for (CAPABILITY p: getVersion().getCAPABILITY()) {
 178       if (p.getType().equalsIgnoreCase(capability.getName()) || p.getType().equalsIgnoreCase("das1:"+capability.getName()))
 179       {
 180         return p;
 181       }
 182     }
 183     return null;
 184   }
 185   public String[] getCapabilityList(VERSION v)
 186   {
 187
 188     ArrayList<String> labels = new ArrayList<String>();
 189     for (CAPABILITY p : v.getCAPABILITY())
 190     {
 191       // TODO: work out what to do with namespace prefix
 192       // does SEQUENCE == das1:SEQUENCE and das2:SEQUENCE ?
 193       // for moment, just show all capabilities...
 194       if (p.getType().startsWith("das1:"))
 195       {
 196         labels.add(p.getType());
 197       }
 198     }
 199     return labels.toArray(new String[0]);
 200   }
 201
 202   @Override
 203   public List<DbSourceProxy> getSequenceSourceProxies()
 204   {
 205     if (!isSequenceSource())
 206     {
 207       return null;
 208     }
 209     ArrayList<DbSourceProxy> seqsources = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 210     if (!local)
 211     {
 212     VERSION v = getVersion();
 213     for (COORDINATES cs : v.getCOORDINATES())
 214     {
 215
 216       /*
 217        * if (css == null || css.length == 0) { // TODO: query das source
 218        * directly to identify coordinate system... or // have to make up a
 219        * coordinate system css = new DasCoordinateSystem[] { new
 220        * DasCoordinateSystem() }; css[0].setName(d1s.getNickname());
 221        * css[0].setUniqueId(d1s.getNickname()); } for (int c = 0; c <
 222        * css.length; c++) {
 223        */
 224       try
 225       {
 226         seqsources.add(new DasSequenceSource("das:" + getTitle() + " ("
 227                 + cs.getAuthority()+" "+cs.getSource() + ")", cs.getAuthority(), source, v, cs));
 228       } catch (Exception e)
 229       {
 230         System.err.println("Ignoring sequence coord system " + cs + " ("
 231                 + cs.getContent() + ") for source " + getTitle()
 232                 + "- threw exception when constructing fetcher.\n");
 233         e.printStackTrace();
 234       }
 235     }
 236     } else {
 237       try
 238       {
 239         seqsources.add(new DasSequenceSource("das:"+getTitle(), getTitle(), source, getVersion(), null));
 240       } catch (Exception e)
 241       {
 242         // TODO Auto-generated catch block
 243         e.printStackTrace();
 244       }
 245
 246     }
 247     return seqsources;
 248   }
 249   @Override
 250   public String getSourceURL()
 251   {
 252     try {
 253     String url = new RegistrySourceAdapter(source).getOriginalDataSourceUri();
 254     return url;
 255     }
 256     catch (Exception x)
 257     {
 258       System.err.println("Serious: Couldn't get the URL for source "+source.getTitle());
 259       x.printStackTrace();
 260     }
 261     return null;
 262   }
 263 }