src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws1;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.io.FileParse;
  26 import jalview.io.FormatAdapter;
  27 import jalview.io.InputStreamParser;
  28
  29 import java.io.BufferedReader;
  30 import java.io.FileReader;
  31 import java.io.IOException;
  32 import java.io.InputStreamReader;
  33 import java.io.Reader;
  34 import java.net.MalformedURLException;
  35 import java.net.URL;
  36 import java.net.URLEncoder;
  37 import java.util.Iterator;
  38
  39 public class Annotate3D
  40 {
  41   // protected BufferedReader in;
  42   // protected BufferedWriter out;
  43
  44   public Annotate3D()
  45   {
  46     System.out.println("Annotate3D");
  47     // try {
  48     // Create a URL for the desired page
  49     // String id = "1HR2";
  50     // URL url = new
  51     // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?pdbid="+id);
  52     // in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
  53     // String str;
  54     // OutputStream out1 = null;
  55     // out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(out1, "temp.rnaml"));
  56     // while ((str = in.readLine()) != null) {
  57     // System.out.println(str);
  58     // out.write(str);
  59     // }
  60     // in.close();
  61     // out.close();
  62     // } catch (MalformedURLException e) {
  63     // } catch (IOException e) {
  64     // }
  65   }
  66
  67   public AlignmentI getRNAMLFor(final FileParse source) throws IOException
  68   {
  69     try
  70     {
  71       StringBuffer sb = new StringBuffer();
  72
  73       Reader fpr = source.getReader();
  74       int p = 0;
  75       char[] cbuff = new char[2048];
  76       while ((p = fpr.read(cbuff)) > 0)
  77       {
  78         for (int i = 0; i < p; i++)
  79         {
  80           sb.append(cbuff[i]);
  81         }
  82       }
  83       Iterator<Reader> r = jalview.ext.paradise.Annotate3D
  84               .getRNAMLForPDBFileAsString(sb.toString());
  85       AlignmentI al=null;
  86       while (r.hasNext())
  87       {
  88         FileParse fp = new InputStreamParser(r.next(), source.getDataName());
  89         AlignmentI nal = new FormatAdapter().readFromFile(fp, "RNAML");
  90         if (al==null)
  91         {
  92           al = nal;
  93         } else {
  94           al.append(nal);
  95         }
  96       }
  97       return al;
  98     } catch (Throwable x)
  99     {
 100       if (x instanceof IOException)
 101       {
 102         throw ((IOException) x);
 103       }
 104       else
 105       {
 106         throw new IOException(
 107                 "Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data",
 108                 x);
 109       }
 110     }
 111   }
 112
 113   public Annotate3D(String path) throws InterruptedException
 114   {
 115     System.out.println("Annotate3D");
 116     try
 117     {
 118       // //URL url = new
 119       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+inFile);
 120       // System.out.println("Step1");
 121       // FileReader r = new FileReader(inFile);
 122       // BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 123       // StringBuffer content = new StringBuffer();
 124       // System.out.println("Step2");
 125       // while(in.readLine()!=null){
 126       // content.append(in.readLine());
 127       // //System.out.println("Step3"+in.readLine());
 128       // }
 129       //
 130       // String data = URLEncoder.encode("data", "UTF-8") + "=" +
 131       // URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 132       // for (int i=0;i<data.length();i++)
 133       // {
 134       // System.out.print(data.charAt(i));
 135       // }
 136
 137       // String data = "width=50&height=100";
 138
 139       // // Send the request
 140       // FileReader r = new FileReader(path);
 141       // BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 142       // StringBuffer content = new StringBuffer();
 143       // System.out.println("Step1");
 144       // while(in.readLine()!=null){
 145       // content.append(in.readLine());
 146       //
 147       // }
 148       // System.out.println("Step2");
 149       // String data = URLEncoder.encode("data", "UTF-8") + "=" +
 150       // URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 151       // System.out.println("Step2");
 152       // URL url = new
 153       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+data);
 154       // DataInputStream is = new DataInputStream(url.openStream());
 155       // String str;
 156       // while ((str = is.readLine()) != null) {
 157       // System.out.println(str);
 158       // //out.write(str);
 159       // }
 160       FileReader r = new FileReader(path);
 161       BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 162       String content = "";
 163       String str;
 164
 165       while ((str = in.readLine()) != null)
 166       {
 167         // System.out.println(str);
 168
 169         content = content + str;
 170       }
 171       System.out.println("pdbfile=" + content.toString());
 172       System.out.println("capacité=" + content.length());
 173       String paramfile = URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 174       System.out.println("param=" + paramfile);
 175       URL url = new URL(
 176               "http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="
 177                       + content);
 178       BufferedReader is = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 179               url.openStream()));
 180       String str4;
 181       while ((str4 = is.readLine()) != null)
 182       {
 183         System.out.println(str4);
 184         // out.write(str);
 185       }
 186       in.close();
 187       is.close();
 188
 189       // HttpURLConnection connection = (HttpURLConnection)url.openConnection();
 190       // connection.setRequestMethod("POST" );
 191       // connection.setRequestProperty("data", path );
 192       // //connection.setRequestProperty("nomDuChamp2", "valeurDuChamp2" );
 193       // BufferedReader input = new BufferedReader(new
 194       // InputStreamReader(connection.getInputStream()));
 195       // //DataInputStream input = new
 196       // DataInputStream(connection.getInputStream());
 197       // String c;
 198       // while((c=input.readLine())!=null){
 199       // System.out.print(c);
 200       // }
 201       // input.close();
 202       // BufferedReader in1 = new BufferedReader(is);
 203
 204       // OutputStream out1 = null;
 205       // System.out.println("Step3");
 206       // BufferedWriter out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(out1,
 207       // "temp.rnaml"));
 208       //
 209       // in.close();
 210       // out.close();
 211
 212       // return;
 213
 214       // System.out.println(data.length());
 215       // System.out.println("step2");
 216       // URL url = new
 217       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+data);
 218       // System.out.println("step3");
 219       // URLConnection conn = url.openConnection();
 220       // conn.setDoOutput(true);
 221       // OutputStreamWriter writer = new
 222       // OutputStreamWriter(conn.getOutputStream());
 223
 224       // write parameters
 225       // writer.write(data);
 226       // writer.flush();
 227
 228       // Get the response
 229       // StringBuffer answer = new StringBuffer();
 230       // //BufferedReader reader = new BufferedReader(new
 231       // InputStreamReader(conn.getInputStream()));
 232       // //String line;
 233       // while ((line = reader.readLine()) != null) {
 234       // answer.append(line);
 235       // System.out.println(line);
 236       // }
 237       // writer.close();
 238       // reader.close();
 239
 240       // Output the response
 241
 242     } catch (MalformedURLException ex)
 243     {
 244       ex.printStackTrace();
 245     } catch (IOException ex)
 246     {
 247       ex.printStackTrace();
 248     }
 249   }
 250
 251   // in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
 252
 253   // String str;
 254
 255   // out = new FileOutputStream("temp.rnaml");
 256   // out = new BufferedWriter(new FileWriter("temp.rnaml"));
 257
 258   // while ((str = in.readLine()) != null) {
 259   // System.out.println(str);
 260   // out.write(str);
 261   // System.out.println(str);
 262   // in.close();
 263
 264   // out.close();
 265   // } catch (MalformedURLException e) {
 266   // } catch (IOException e) {
 267   // }
 268   //
 269   // }
 270
 271   // public BufferedWriter getReader()
 272   // {
 273   // System.out.println("The buffer");
 274
 275   // return out;
 276
 277   // }
 278
 279 }