src/jalview/ws/jws1/Annotate3D.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.jws1;
  19
  20 import jalview.datamodel.Alignment;
  21 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  22 import jalview.io.FileParse;
  23 import jalview.io.FormatAdapter;
  24 import jalview.io.InputStreamParser;
  25
  26 import java.io.BufferedReader;
  27 import java.io.FileReader;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.InputStreamReader;
  30 import java.io.Reader;
  31 import java.net.MalformedURLException;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.net.URLEncoder;
  34 import java.util.Iterator;
  35
  36 public class Annotate3D
  37 {
  38   // protected BufferedReader in;
  39   // protected BufferedWriter out;
  40
  41   public Annotate3D()
  42   {
  43     System.out.println("Annotate3D");
  44     // try {
  45     // Create a URL for the desired page
  46     // String id = "1HR2";
  47     // URL url = new
  48     // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?pdbid="+id);
  49     // in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
  50     // String str;
  51     // OutputStream out1 = null;
  52     // out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(out1, "temp.rnaml"));
  53     // while ((str = in.readLine()) != null) {
  54     // System.out.println(str);
  55     // out.write(str);
  56     // }
  57     // in.close();
  58     // out.close();
  59     // } catch (MalformedURLException e) {
  60     // } catch (IOException e) {
  61     // }
  62   }
  63
  64   public AlignmentI getRNAMLFor(final FileParse source) throws IOException
  65   {
  66     try
  67     {
  68       StringBuffer sb = new StringBuffer();
  69
  70       Reader fpr = source.getReader();
  71       int p = 0;
  72       char[] cbuff = new char[2048];
  73       while ((p = fpr.read(cbuff)) > 0)
  74       {
  75         for (int i = 0; i < p; i++)
  76         {
  77           sb.append(cbuff[i]);
  78         }
  79       }
  80       Iterator<Reader> r = jalview.ext.paradise.Annotate3D
  81               .getRNAMLForPDBFileAsString(sb.toString());
  82       AlignmentI al=null;
  83       while (r.hasNext())
  84       {
  85         FileParse fp = new InputStreamParser(r.next(), source.getDataName());
  86         AlignmentI nal = new FormatAdapter().readFromFile(fp, "RNAML");
  87         if (al==null)
  88         {
  89           al = nal;
  90         } else {
  91           al.append(nal);
  92         }
  93       }
  94       return al;
  95     } catch (Throwable x)
  96     {
  97       if (x instanceof IOException)
  98       {
  99         throw ((IOException) x);
 100       }
 101       else
 102       {
 103         throw new IOException(
 104                 "Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data",
 105                 x);
 106       }
 107     }
 108   }
 109
 110   public Annotate3D(String path) throws InterruptedException
 111   {
 112     System.out.println("Annotate3D");
 113     try
 114     {
 115       // //URL url = new
 116       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+inFile);
 117       // System.out.println("Step1");
 118       // FileReader r = new FileReader(inFile);
 119       // BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 120       // StringBuffer content = new StringBuffer();
 121       // System.out.println("Step2");
 122       // while(in.readLine()!=null){
 123       // content.append(in.readLine());
 124       // //System.out.println("Step3"+in.readLine());
 125       // }
 126       //
 127       // String data = URLEncoder.encode("data", "UTF-8") + "=" +
 128       // URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 129       // for (int i=0;i<data.length();i++)
 130       // {
 131       // System.out.print(data.charAt(i));
 132       // }
 133
 134       // String data = "width=50&height=100";
 135
 136       // // Send the request
 137       // FileReader r = new FileReader(path);
 138       // BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 139       // StringBuffer content = new StringBuffer();
 140       // System.out.println("Step1");
 141       // while(in.readLine()!=null){
 142       // content.append(in.readLine());
 143       //
 144       // }
 145       // System.out.println("Step2");
 146       // String data = URLEncoder.encode("data", "UTF-8") + "=" +
 147       // URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 148       // System.out.println("Step2");
 149       // URL url = new
 150       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+data);
 151       // DataInputStream is = new DataInputStream(url.openStream());
 152       // String str;
 153       // while ((str = is.readLine()) != null) {
 154       // System.out.println(str);
 155       // //out.write(str);
 156       // }
 157       FileReader r = new FileReader(path);
 158       BufferedReader in = new BufferedReader(r);
 159       String content = "";
 160       String str;
 161
 162       while ((str = in.readLine()) != null)
 163       {
 164         // System.out.println(str);
 165
 166         content = content + str;
 167       }
 168       System.out.println("pdbfile=" + content.toString());
 169       System.out.println("capacité=" + content.length());
 170       String paramfile = URLEncoder.encode(content.toString(), "UTF-8");
 171       System.out.println("param=" + paramfile);
 172       URL url = new URL(
 173               "http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="
 174                       + content);
 175       BufferedReader is = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 176               url.openStream()));
 177       String str4;
 178       while ((str4 = is.readLine()) != null)
 179       {
 180         System.out.println(str4);
 181         // out.write(str);
 182       }
 183       in.close();
 184       is.close();
 185
 186       // HttpURLConnection connection = (HttpURLConnection)url.openConnection();
 187       // connection.setRequestMethod("POST" );
 188       // connection.setRequestProperty("data", path );
 189       // //connection.setRequestProperty("nomDuChamp2", "valeurDuChamp2" );
 190       // BufferedReader input = new BufferedReader(new
 191       // InputStreamReader(connection.getInputStream()));
 192       // //DataInputStream input = new
 193       // DataInputStream(connection.getInputStream());
 194       // String c;
 195       // while((c=input.readLine())!=null){
 196       // System.out.print(c);
 197       // }
 198       // input.close();
 199       // BufferedReader in1 = new BufferedReader(is);
 200
 201       // OutputStream out1 = null;
 202       // System.out.println("Step3");
 203       // BufferedWriter out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(out1,
 204       // "temp.rnaml"));
 205       //
 206       // in.close();
 207       // out.close();
 208
 209       // return;
 210
 211       // System.out.println(data.length());
 212       // System.out.println("step2");
 213       // URL url = new
 214       // URL("http://paradise-ibmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d?data="+data);
 215       // System.out.println("step3");
 216       // URLConnection conn = url.openConnection();
 217       // conn.setDoOutput(true);
 218       // OutputStreamWriter writer = new
 219       // OutputStreamWriter(conn.getOutputStream());
 220
 221       // write parameters
 222       // writer.write(data);
 223       // writer.flush();
 224
 225       // Get the response
 226       // StringBuffer answer = new StringBuffer();
 227       // //BufferedReader reader = new BufferedReader(new
 228       // InputStreamReader(conn.getInputStream()));
 229       // //String line;
 230       // while ((line = reader.readLine()) != null) {
 231       // answer.append(line);
 232       // System.out.println(line);
 233       // }
 234       // writer.close();
 235       // reader.close();
 236
 237       // Output the response
 238
 239     } catch (MalformedURLException ex)
 240     {
 241       ex.printStackTrace();
 242     } catch (IOException ex)
 243     {
 244       ex.printStackTrace();
 245     }
 246   }
 247
 248   // in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
 249
 250   // String str;
 251
 252   // out = new FileOutputStream("temp.rnaml");
 253   // out = new BufferedWriter(new FileWriter("temp.rnaml"));
 254
 255   // while ((str = in.readLine()) != null) {
 256   // System.out.println(str);
 257   // out.write(str);
 258   // System.out.println(str);
 259   // in.close();
 260
 261   // out.close();
 262   // } catch (MalformedURLException e) {
 263   // } catch (IOException e) {
 264   // }
 265   //
 266   // }
 267
 268   // public BufferedWriter getReader()
 269   // {
 270   // System.out.println("The buffer");
 271
 272   // return out;
 273
 274   // }
 275
 276 }