src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws1;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.bin.Console;
  25 import jalview.gui.JvOptionPane;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27
  28 import java.net.URL;
  29 import java.util.Hashtable;
  30 import java.util.StringTokenizer;
  31 import java.util.Vector;
  32
  33 import ext.vamsas.IRegistry;
  34 import ext.vamsas.IRegistryServiceLocator;
  35 import ext.vamsas.RegistryServiceSoapBindingStub;
  36 import ext.vamsas.ServiceHandle;
  37 import ext.vamsas.ServiceHandles;
  38
  39 public class Discoverer implements Runnable
  40 {
  41   ext.vamsas.IRegistry registry; // the root registry service.
  42
  43   private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(
  44           this);
  45
  46   /**
  47    * change listeners are notified of "services" property changes
  48    *
  49    * @param listener
  50    *          to be added that consumes new services Hashtable object.
  51    */
  52   public void addPropertyChangeListener(
  53           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  54   {
  55     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
  56   }
  57
  58   /**
  59    *
  60    *
  61    * @param listener
  62    *          to be removed
  63    */
  64   public void removePropertyChangeListener(
  65           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  66   {
  67     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
  68   }
  69
  70   /**
  71    * Property change listener firing routine
  72    *
  73    * @param prop
  74    *          services
  75    * @param oldvalue
  76    *          old services hash
  77    * @param newvalue
  78    *          new services hash
  79    */
  80   public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue,
  81           Object newvalue)
  82   {
  83     changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);
  84   }
  85
  86   /**
  87    * Initializes the server field with a valid service implementation.
  88    *
  89    * @return true if service was located.
  90    */
  91   private IRegistry locateWebService(java.net.URL WsURL)
  92   {
  93     IRegistryServiceLocator loc = new IRegistryServiceLocator(); // Default
  94     IRegistry server = null;
  95     try
  96     {
  97       server = loc.getRegistryService(WsURL);
  98       ((RegistryServiceSoapBindingStub) server).setTimeout(60000); // One
  99       // minute
 100       // timeout
 101     } catch (Exception ex)
 102     {
 103       Console.error(
 104               "Serious!  Service location failed\nfor URL :" + WsURL + "\n",
 105               ex);
 106
 107       return null;
 108     }
 109
 110     loc.getEngine().setOption("axis", "1");
 111
 112     return server;
 113   }
 114
 115   static private java.net.URL RootServiceURL = null;
 116
 117   static public Vector<URL> ServiceURLList = null;
 118
 119   static private boolean reallyDiscoverServices = true;
 120
 121   public static java.util.Hashtable<String, Vector<ServiceHandle>> services = null;
 122   // stored by
 123   // abstractServiceType
 124   // string
 125
 126   public static java.util.Vector<ServiceHandle> serviceList = null;
 127
 128   static private Vector<URL> getDiscoveryURLS()
 129   {
 130     Vector<URL> urls = new Vector<>();
 131     String RootServiceURLs = Cache.getDefault("DISCOVERY_URLS",
 132             "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/ServiceRegistry");
 133
 134     try
 135     {
 136       StringTokenizer st = new StringTokenizer(RootServiceURLs, ",");
 137       while (st.hasMoreElements())
 138       {
 139         String url = null;
 140         try
 141         {
 142           java.net.URL u = new java.net.URL(url = st.nextToken());
 143           if (!urls.contains(u))
 144           {
 145             urls.add(u);
 146           }
 147           else
 148           {
 149             Console.info("Ignoring duplicate url in DISCOVERY_URLS list");
 150           }
 151         } catch (Exception ex)
 152         {
 153           Console.warn("Problem whilst trying to make a URL from '"
 154                           + ((url != null) ? url : "<null>") + "'");
 155           Console.warn(
 156                   "This was probably due to a malformed comma separated list"
 157                           + " in the DISCOVERY_URLS entry of $(HOME)/.jalview_properties)");
 158           Console.debug("Exception was ", ex);
 159         }
 160       }
 161     } catch (Exception ex)
 162     {
 163       Console.warn(
 164               "Error parsing comma separated list of urls in DISCOVERY_URLS.",
 165               ex);
 166     }
 167     if (urls.size() > 0)
 168     {
 169       return urls;
 170     }
 171     return null;
 172   }
 173
 174   /**
 175    * fetch new services or reset to hardwired defaults depending on preferences.
 176    */
 177   static public void doDiscovery()
 178   {
 179     Console.debug("(Re)-Initialising the discovery URL list.");
 180     try
 181     {
 182       reallyDiscoverServices = Cache
 183               .getDefault("DISCOVERY_START", false);
 184       if (reallyDiscoverServices)
 185       {
 186         ServiceURLList = getDiscoveryURLS();
 187       }
 188       else
 189       {
 190         Console.debug("Setting default services");
 191         services = new Hashtable<>();
 192         // Muscle, Clustal and JPred.
 193         ServiceHandle[] defServices = { new ServiceHandle("MsaWS",
 194                 "Edgar, Robert C. (2004), MUSCLE: multiple sequence alignment "
 195                         + "with high accuracy and high throughput, Nucleic Acids Research 32(5), 1792-97.",
 196                 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/MuscleWS",
 197                 MessageManager.getString(
 198                         "label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment")),
 199             new ServiceHandle("MsaWS",
 200                     "Katoh, K., K. Kuma, K., Toh, H.,  and Miyata, T. (2005) "
 201                             + "\"MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment.\""
 202                             + " Nucleic Acids Research, 33 511-518",
 203                     "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/MafftWS",
 204                     MessageManager.getString(
 205                             "label.mafft_multiple_sequence_alignment")),
 206             new ServiceHandle("MsaWS",
 207                     "Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple"
 208                             + " sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice."
 209                             + " Nucleic Acids Research, 22 4673-4680",
 210                     "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/ClustalWS",
 211                     MessageManager.getString(
 212                             "label.clustalw_multiple_sequence_alignment")),
 213             new ServiceHandle("SecStrPred",
 214                     "Drozdetskiy A, Cole C, Procter J & Barton GJ. (2015)\nJPred4: a protein secondary structure prediction server"
 215                             + "\nNucleic Acids Research, Web Server issue (first published 15th April 2015)"
 216                             + "\ndoi://10.1093/nar/gkv332",
 217                     "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/jpred",
 218                     "JPred Secondary Structure Prediction") };
 219         services = new Hashtable<>();
 220         serviceList = new Vector<>();
 221         buildServiceLists(defServices, serviceList, services);
 222       }
 223
 224     } catch (Exception e)
 225     {
 226       System.err.println(
 227               "jalview.rootRegistry is not a proper url!\nWas set to "
 228                       + RootServiceURL + "\n" + e);
 229     }
 230
 231   }
 232
 233   // TODO: JBPNote : make this discover more services based on list of
 234   // discovery service urls, break cyclic references to the same url and
 235   // duplicate service entries (same endpoint *and* same interface)
 236   private ServiceHandle[] getServices(java.net.URL location)
 237   {
 238     ServiceHandles shs = null;
 239     try
 240     {
 241       Console.debug("Discovering services using " + location);
 242       shs = locateWebService(location).getServices();
 243     } catch (org.apache.axis.AxisFault f)
 244     {
 245       // JBPNote - should do this a better way!
 246       if (f.getFaultReason().indexOf("(407)") > -1)
 247       {
 248         if (jalview.gui.Desktop.desktop != null)
 249         {
 250           JvOptionPane.showMessageDialog(jalview.gui.Desktop.desktop,
 251                   MessageManager.getString("label.set_proxy_settings"),
 252                   MessageManager
 253                           .getString("label.proxy_authorization_failed"),
 254                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 255         }
 256       }
 257       else
 258       {
 259         Console.warn("No Discovery service at " + location);
 260         Console.debug("Axis Fault", f);
 261       }
 262     } catch (Exception e)
 263     {
 264       Console.warn("No Discovery service at " + location);
 265       Console.debug("Discovery Service General Exception", e);
 266     }
 267     if ((shs != null) && shs.getServices().length > 0)
 268     {
 269       return shs.getServices();
 270     }
 271     return null;
 272   }
 273
 274   /**
 275    * Adds a list of services to the service catalog and categorised catalog
 276    * returns true if ServiceURLList was modified with a new DiscoveryService URL
 277    *
 278    * @param sh
 279    *          ServiceHandle[]
 280    * @param cat
 281    *          Vector
 282    * @param sscat
 283    *          Hashtable
 284    * @return boolean
 285    */
 286   static private boolean buildServiceLists(ServiceHandle[] sh,
 287           Vector<ServiceHandle> cat,
 288           Hashtable<String, Vector<ServiceHandle>> sscat)
 289   {
 290     boolean seenNewDiscovery = false;
 291     for (int i = 0, j = sh.length; i < j; i++)
 292     {
 293       if (!cat.contains(sh[i]))
 294       {
 295         Console.debug("A " + sh[i].getAbstractName()
 296                 + " service called " + sh[i].getName() + " exists at "
 297                 + sh[i].getEndpointURL() + "\n");
 298         if (!sscat.containsKey(sh[i].getAbstractName()))
 299         {
 300           sscat.put(sh[i].getAbstractName(), cat = new Vector<>());
 301         }
 302         else
 303         {
 304           cat = sscat.get(sh[i].getAbstractName());
 305         }
 306         cat.add(sh[i]);
 307         if (sh[i].getAbstractName().equals("Registry"))
 308         {
 309           for (int s = 0, sUrls = ServiceURLList.size(); s < sUrls; s++)
 310           {
 311             java.net.URL disc_serv = null;
 312             try
 313             {
 314               disc_serv = new java.net.URL(sh[i].getEndpointURL());
 315               if (!ServiceURLList.contains(disc_serv))
 316               {
 317                 Console.debug(
 318                         "Adding new discovery service at " + disc_serv);
 319                 ServiceURLList.add(disc_serv);
 320                 seenNewDiscovery = true;
 321               }
 322             } catch (Exception e)
 323             {
 324               Console.debug("Ignoring bad discovery service URL "
 325                               + sh[i].getEndpointURL(), e);
 326             }
 327           }
 328         }
 329       }
 330     }
 331     return seenNewDiscovery;
 332   }
 333
 334   public void discoverServices()
 335   {
 336     Hashtable<String, Vector<ServiceHandle>> sscat = new Hashtable<>();
 337     Vector<ServiceHandle> cat = new Vector<>();
 338     ServiceHandle sh[] = null;
 339     int s_url = 0;
 340     if (ServiceURLList == null)
 341     {
 342       Console.debug("No service endpoints to use for service discovery.");
 343       return;
 344     }
 345     while (s_url < ServiceURLList.size())
 346     {
 347       if ((sh = getServices(
 348               ServiceURLList.get(s_url))) != null)
 349       {
 350
 351         buildServiceLists(sh, cat, sscat);
 352       }
 353       else
 354       {
 355         Console.warn("No services at "
 356                 + (ServiceURLList.get(s_url))
 357                 + " - check DISCOVERY_URLS property in .jalview_properties");
 358       }
 359       s_url++;
 360     }
 361     // TODO: decide on correct semantics for services list - PropertyChange
 362     // provides a way of passing the new object around
 363     // so no need to access original discovery thread.
 364     // Curent decision is to change properties then notify listeners with old
 365     // and new values.
 366     Hashtable<String, Vector<ServiceHandle>> oldServices = services;
 367     // Vector oldServicelist = serviceList;
 368     services = sscat;
 369     serviceList = cat;
 370     changeSupport.firePropertyChange("services", oldServices, services);
 371   }
 372
 373   /**
 374    * creates a new thread to call discoverServices()
 375    */
 376   @Override
 377   public void run()
 378   {
 379     final Discoverer discoverer = this;
 380     Thread discoverThread = new Thread()
 381     {
 382       @Override
 383       public void run()
 384       {
 385         Discoverer.doDiscovery();
 386         discoverer.discoverServices();
 387       }
 388     };
 389     discoverThread.start();
 390   }
 391
 392   /**
 393    * binding service abstract name to handler class
 394    */
 395   private static Hashtable<String, WS1Client> serviceClientBindings;
 396
 397   public static WS1Client getServiceClient(ServiceHandle sh)
 398   {
 399     if (serviceClientBindings == null)
 400     {
 401       // get a list from Config or create below
 402       serviceClientBindings = new Hashtable<>();
 403       serviceClientBindings.put("MsaWS", new MsaWSClient());
 404       serviceClientBindings.put("SecStrPred", new JPredClient());
 405       serviceClientBindings.put("SeqSearch", new SeqSearchWSClient());
 406     }
 407     WS1Client instance = serviceClientBindings
 408             .get(sh.getAbstractName());
 409     if (instance == null)
 410     {
 411       System.err.println(
 412               "WARNING - POSSIBLE IMPLEMENTATION ERROR - cannot find WSClient implementation for "
 413                       + sh.getAbstractName());
 414     }
 415     else
 416     {
 417       instance.serviceHandle = sh;
 418     }
 419     return instance;
 420   }
 421   /**
 422    * notes on discovery service 1. need to allow multiple discovery source urls.
 423    * 2. user interface to add/control list of urls in preferences notes on
 424    * wsclient discovery 1. need a classpath property with list of additional
 425    * plugin directories 2. optional config to cite specific bindings between
 426    * class name and Abstract service name. 3. precedence for automatic discovery
 427    * by using getAbstractName for WSClient - user added plugins override default
 428    * plugins ? notes on wsclient gui code for gui attachment now moved to
 429    * wsclient implementation. Needs more abstraction but approach seems to work.
 430    * is it possible to 'generalise' the data retrieval calls further ? current
 431    * methods are very specific (gatherForMSA or gatherForSeqOrMsaSecStrPred),
 432    * new methods for conservation (group or alignment), treecalc (aligned
 433    * profile), seqannot (sequences selected from dataset, annotation back to
 434    * dataset).
 435    *
 436    */
 437 }