src/jalview/ws/jws1/Discoverer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws1;
  22
  23 import jalview.gui.JvOptionPane;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25
  26 import java.net.URL;
  27 import java.util.Hashtable;
  28 import java.util.StringTokenizer;
  29 import java.util.Vector;
  30
  31 import ext.vamsas.IRegistry;
  32 import ext.vamsas.IRegistryServiceLocator;
  33 import ext.vamsas.RegistryServiceSoapBindingStub;
  34 import ext.vamsas.ServiceHandle;
  35 import ext.vamsas.ServiceHandles;
  36
  37 public class Discoverer implements Runnable
  38 {
  39   ext.vamsas.IRegistry registry; // the root registry service.
  40
  41   private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(
  42           this);
  43
  44   /**
  45    * change listeners are notified of "services" property changes
  46    *
  47    * @param listener
  48    *          to be added that consumes new services Hashtable object.
  49    */
  50   public void addPropertyChangeListener(
  51           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  52   {
  53     changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);
  54   }
  55
  56   /**
  57    *
  58    *
  59    * @param listener
  60    *          to be removed
  61    */
  62   public void removePropertyChangeListener(
  63           java.beans.PropertyChangeListener listener)
  64   {
  65     changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);
  66   }
  67
  68   /**
  69    * Property change listener firing routine
  70    *
  71    * @param prop
  72    *          services
  73    * @param oldvalue
  74    *          old services hash
  75    * @param newvalue
  76    *          new services hash
  77    */
  78   public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue,
  79           Object newvalue)
  80   {
  81     changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Initializes the server field with a valid service implementation.
  86    *
  87    * @return true if service was located.
  88    */
  89   private IRegistry locateWebService(java.net.URL WsURL)
  90   {
  91     IRegistryServiceLocator loc = new IRegistryServiceLocator(); // Default
  92     IRegistry server = null;
  93     try
  94     {
  95       server = loc.getRegistryService(WsURL);
  96       ((RegistryServiceSoapBindingStub) server).setTimeout(60000); // One
  97       // minute
  98       // timeout
  99     } catch (Exception ex)
 100     {
 101       jalview.bin.Cache.log.error(
 102               "Serious!  Service location failed\nfor URL :" + WsURL + "\n",
 103               ex);
 104
 105       return null;
 106     }
 107
 108     loc.getEngine().setOption("axis", "1");
 109
 110     return server;
 111   }
 112
 113   static private java.net.URL RootServiceURL = null;
 114
 115   static public Vector<URL> ServiceURLList = null;
 116
 117   static private boolean reallyDiscoverServices = true;
 118
 119   public static java.util.Hashtable<String, Vector<ServiceHandle>> services = null;
 120   // stored by
 121   // abstractServiceType
 122   // string
 123
 124   public static java.util.Vector<ServiceHandle> serviceList = null;
 125
 126   static private Vector<URL> getDiscoveryURLS()
 127   {
 128     Vector<URL> urls = new Vector<>();
 129     String RootServiceURLs = jalview.bin.Cache.getDefault("DISCOVERY_URLS",
 130             "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/ServiceRegistry");
 131
 132     try
 133     {
 134       StringTokenizer st = new StringTokenizer(RootServiceURLs, ",");
 135       while (st.hasMoreElements())
 136       {
 137         String url = null;
 138         try
 139         {
 140           java.net.URL u = new java.net.URL(url = st.nextToken());
 141           if (!urls.contains(u))
 142           {
 143             urls.add(u);
 144           }
 145           else
 146           {
 147             jalview.bin.Cache.log
 148                     .info("Ignoring duplicate url in DISCOVERY_URLS list");
 149           }
 150         } catch (Exception ex)
 151         {
 152           jalview.bin.Cache.log
 153                   .warn("Problem whilst trying to make a URL from '"
 154                           + ((url != null) ? url : "<null>") + "'");
 155           jalview.bin.Cache.log.warn(
 156                   "This was probably due to a malformed comma separated list"
 157                           + " in the DISCOVERY_URLS entry of $(HOME)/.jalview_properties)");
 158           jalview.bin.Cache.log.debug("Exception was ", ex);
 159         }
 160       }
 161     } catch (Exception ex)
 162     {
 163       jalview.bin.Cache.log.warn(
 164               "Error parsing comma separated list of urls in DISCOVERY_URLS.",
 165               ex);
 166     }
 167     if (urls.size() > 0)
 168     {
 169       return urls;
 170     }
 171     return null;
 172   }
 173
 174   /**
 175    * fetch new services or reset to hardwired defaults depending on preferences.
 176    */
 177   static public void doDiscovery()
 178   {
 179     jalview.bin.Cache.log
 180             .debug("(Re)-Initialising the discovery URL list.");
 181     try
 182     {
 183       reallyDiscoverServices = jalview.bin.Cache
 184               .getDefault("DISCOVERY_START", false);
 185       if (reallyDiscoverServices)
 186       {
 187         ServiceURLList = getDiscoveryURLS();
 188       }
 189       else
 190       {
 191         jalview.bin.Cache.log.debug("Setting default services");
 192         services = new Hashtable<>();
 193         // Muscle, Clustal and JPred.
 194         ServiceHandle[] defServices = { new ServiceHandle("MsaWS",
 195                 "Edgar, Robert C. (2004), MUSCLE: multiple sequence alignment "
 196                         + "with high accuracy and high throughput, Nucleic Acids Research 32(5), 1792-97.",
 197                 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/MuscleWS",
 198                 MessageManager.getString(
 199                         "label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment")),
 200             new ServiceHandle("MsaWS",
 201                     "Katoh, K., K. Kuma, K., Toh, H.,  and Miyata, T. (2005) "
 202                             + "\"MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment.\""
 203                             + " Nucleic Acids Research, 33 511-518",
 204                     "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/MafftWS",
 205                     MessageManager.getString(
 206                             "label.mafft_multiple_sequence_alignment")),
 207             new ServiceHandle("MsaWS",
 208                     "Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple"
 209                             + " sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice."
 210                             + " Nucleic Acids Research, 22 4673-4680",
 211                     "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/ClustalWS",
 212                     MessageManager.getString(
 213                             "label.clustalw_multiple_sequence_alignment")),
 214             new ServiceHandle("SecStrPred",
 215                     "Drozdetskiy A, Cole C, Procter J & Barton GJ. (2015)\nJPred4: a protein secondary structure prediction server"
 216                             + "\nNucleic Acids Research, Web Server issue (first published 15th April 2015)"
 217                             + "\ndoi://10.1093/nar/gkv332",
 218                     "http://www.compbio.dundee.ac.uk/JalviewWS/services/jpred",
 219                     "JPred Secondary Structure Prediction") };
 220         services = new Hashtable<>();
 221         serviceList = new Vector<>();
 222         buildServiceLists(defServices, serviceList, services);
 223       }
 224
 225     } catch (Exception e)
 226     {
 227       System.err.println(
 228               "jalview.rootRegistry is not a proper url!\nWas set to "
 229                       + RootServiceURL + "\n" + e);
 230     }
 231
 232   }
 233
 234   // TODO: JBPNote : make this discover more services based on list of
 235   // discovery service urls, break cyclic references to the same url and
 236   // duplicate service entries (same endpoint *and* same interface)
 237   private ServiceHandle[] getServices(java.net.URL location)
 238   {
 239     ServiceHandles shs = null;
 240     try
 241     {
 242       jalview.bin.Cache.log.debug("Discovering services using " + location);
 243       shs = locateWebService(location).getServices();
 244     } catch (org.apache.axis.AxisFault f)
 245     {
 246       // JBPNote - should do this a better way!
 247       if (f.getFaultReason().indexOf("(407)") > -1)
 248       {
 249         if (jalview.gui.Desktop.desktop != null)
 250         {
 251           JvOptionPane.showMessageDialog(jalview.gui.Desktop.desktop,
 252                   MessageManager.getString("label.set_proxy_settings"),
 253                   MessageManager
 254                           .getString("label.proxy_authorization_failed"),
 255                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 256         }
 257       }
 258       else
 259       {
 260         jalview.bin.Cache.log.warn("No Discovery service at " + location);
 261         jalview.bin.Cache.log.debug("Axis Fault", f);
 262       }
 263     } catch (Exception e)
 264     {
 265       jalview.bin.Cache.log.warn("No Discovery service at " + location);
 266       jalview.bin.Cache.log.debug("Discovery Service General Exception", e);
 267     }
 268     if ((shs != null) && shs.getServices().length > 0)
 269     {
 270       return shs.getServices();
 271     }
 272     return null;
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Adds a list of services to the service catalog and categorised catalog
 277    * returns true if ServiceURLList was modified with a new DiscoveryService URL
 278    *
 279    * @param sh
 280    *          ServiceHandle[]
 281    * @param cat
 282    *          Vector
 283    * @param sscat
 284    *          Hashtable
 285    * @return boolean
 286    */
 287   static private boolean buildServiceLists(ServiceHandle[] sh,
 288           Vector<ServiceHandle> cat,
 289           Hashtable<String, Vector<ServiceHandle>> sscat)
 290   {
 291     boolean seenNewDiscovery = false;
 292     for (int i = 0, j = sh.length; i < j; i++)
 293     {
 294       if (!cat.contains(sh[i]))
 295       {
 296         jalview.bin.Cache.log.debug("A " + sh[i].getAbstractName()
 297                 + " service called " + sh[i].getName() + " exists at "
 298                 + sh[i].getEndpointURL() + "\n");
 299         if (!sscat.containsKey(sh[i].getAbstractName()))
 300         {
 301           sscat.put(sh[i].getAbstractName(), cat = new Vector<>());
 302         }
 303         else
 304         {
 305           cat = sscat.get(sh[i].getAbstractName());
 306         }
 307         cat.add(sh[i]);
 308         if (sh[i].getAbstractName().equals("Registry"))
 309         {
 310           for (int s = 0, sUrls = ServiceURLList.size(); s < sUrls; s++)
 311           {
 312             java.net.URL disc_serv = null;
 313             try
 314             {
 315               disc_serv = new java.net.URL(sh[i].getEndpointURL());
 316               if (!ServiceURLList.contains(disc_serv))
 317               {
 318                 jalview.bin.Cache.log.debug(
 319                         "Adding new discovery service at " + disc_serv);
 320                 ServiceURLList.add(disc_serv);
 321                 seenNewDiscovery = true;
 322               }
 323             } catch (Exception e)
 324             {
 325               jalview.bin.Cache.log
 326                       .debug("Ignoring bad discovery service URL "
 327                               + sh[i].getEndpointURL(), e);
 328             }
 329           }
 330         }
 331       }
 332     }
 333     return seenNewDiscovery;
 334   }
 335
 336   public void discoverServices()
 337   {
 338     Hashtable<String, Vector<ServiceHandle>> sscat = new Hashtable<>();
 339     Vector<ServiceHandle> cat = new Vector<>();
 340     ServiceHandle sh[] = null;
 341     int s_url = 0;
 342     if (ServiceURLList == null)
 343     {
 344       jalview.bin.Cache.log
 345               .debug("No service endpoints to use for service discovery.");
 346       return;
 347     }
 348     while (s_url < ServiceURLList.size())
 349     {
 350       if ((sh = getServices(
 351               ServiceURLList.get(s_url))) != null)
 352       {
 353
 354         buildServiceLists(sh, cat, sscat);
 355       }
 356       else
 357       {
 358         jalview.bin.Cache.log.warn("No services at "
 359                 + (ServiceURLList.get(s_url))
 360                 + " - check DISCOVERY_URLS property in .jalview_properties");
 361       }
 362       s_url++;
 363     }
 364     // TODO: decide on correct semantics for services list - PropertyChange
 365     // provides a way of passing the new object around
 366     // so no need to access original discovery thread.
 367     // Curent decision is to change properties then notify listeners with old
 368     // and new values.
 369     Hashtable<String, Vector<ServiceHandle>> oldServices = services;
 370     // Vector oldServicelist = serviceList;
 371     services = sscat;
 372     serviceList = cat;
 373     changeSupport.firePropertyChange("services", oldServices, services);
 374   }
 375
 376   /**
 377    * creates a new thread to call discoverServices()
 378    */
 379   @Override
 380   public void run()
 381   {
 382     final Discoverer discoverer = this;
 383     Thread discoverThread = new Thread()
 384     {
 385       @Override
 386       public void run()
 387       {
 388         Discoverer.doDiscovery();
 389         discoverer.discoverServices();
 390       }
 391     };
 392     discoverThread.start();
 393   }
 394
 395   /**
 396    * binding service abstract name to handler class
 397    */
 398   private static Hashtable<String, WS1Client> serviceClientBindings;
 399
 400   public static WS1Client getServiceClient(ServiceHandle sh)
 401   {
 402     if (serviceClientBindings == null)
 403     {
 404       // get a list from Config or create below
 405       serviceClientBindings = new Hashtable<>();
 406       serviceClientBindings.put("MsaWS", new MsaWSClient());
 407       serviceClientBindings.put("SecStrPred", new JPredClient());
 408       serviceClientBindings.put("SeqSearch", new SeqSearchWSClient());
 409     }
 410     WS1Client instance = serviceClientBindings
 411             .get(sh.getAbstractName());
 412     if (instance == null)
 413     {
 414       System.err.println(
 415               "WARNING - POSSIBLE IMPLEMENTATION ERROR - cannot find WSClient implementation for "
 416                       + sh.getAbstractName());
 417     }
 418     else
 419     {
 420       instance.serviceHandle = sh;
 421     }
 422     return instance;
 423   }
 424   /**
 425    * notes on discovery service 1. need to allow multiple discovery source urls.
 426    * 2. user interface to add/control list of urls in preferences notes on
 427    * wsclient discovery 1. need a classpath property with list of additional
 428    * plugin directories 2. optional config to cite specific bindings between
 429    * class name and Abstract service name. 3. precedence for automatic discovery
 430    * by using getAbstractName for WSClient - user added plugins override default
 431    * plugins ? notes on wsclient gui code for gui attachment now moved to
 432    * wsclient implementation. Needs more abstraction but approach seems to work.
 433    * is it possible to 'generalise' the data retrieval calls further ? current
 434    * methods are very specific (gatherForMSA or gatherForSeqOrMsaSecStrPred),
 435    * new methods for conservation (group or alignment), treecalc (aligned
 436    * profile), seqannot (sequences selected from dataset, annotation back to
 437    * dataset).
 438    *
 439    */
 440 }