src/jalview/ws/jws1/MsaWSClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.ws.jws1;
  20
  21 import java.awt.event.ActionEvent;
  22 import java.awt.event.ActionListener;
  23
  24 import javax.swing.*;
  25
  26 import ext.vamsas.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.gui.*;
  29
  30 /**
  31  * DOCUMENT ME!
  32  *
  33  * @author $author$
  34  * @version $Revision$
  35  */
  36 public class MsaWSClient extends WS1Client
  37 {
  38   /**
  39    * server is a WSDL2Java generated stub for an archetypal MsaWSI service.
  40    */
  41   ext.vamsas.MuscleWS server;
  42
  43   AlignFrame alignFrame;
  44
  45   /**
  46    * Creates a new MsaWSClient object that uses a service given by an externally
  47    * retrieved ServiceHandle
  48    *
  49    * @param sh
  50    *          service handle of type AbstractName(MsaWS)
  51    * @param altitle
  52    *          DOCUMENT ME!
  53    * @param msa
  54    *          DOCUMENT ME!
  55    * @param submitGaps
  56    *          DOCUMENT ME!
  57    * @param preserveOrder
  58    *          DOCUMENT ME!
  59    */
  60
  61   public MsaWSClient(ext.vamsas.ServiceHandle sh, String altitle,
  62           jalview.datamodel.AlignmentView msa, boolean submitGaps,
  63           boolean preserveOrder, Alignment seqdataset,
  64           AlignFrame _alignFrame)
  65   {
  66     super();
  67     alignFrame = _alignFrame;
  68     if (!sh.getAbstractName().equals("MsaWS"))
  69     {
  70       JOptionPane
  71               .showMessageDialog(
  72                       Desktop.desktop,
  73                       "The Service called \n"
  74                               + sh.getName()
  75                               + "\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service !",
  76                       "Internal Jalview Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  77
  78       return;
  79     }
  80
  81     if ((wsInfo = setWebService(sh)) == null)
  82     {
  83       JOptionPane.showMessageDialog(
  84               Desktop.desktop,
  85               "The Multiple Sequence Alignment Service named "
  86                       + sh.getName() + " is unknown",
  87               "Internal Jalview Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  88
  89       return;
  90     }
  91     startMsaWSClient(altitle, msa, submitGaps, preserveOrder, seqdataset);
  92
  93   }
  94
  95   public MsaWSClient()
  96   {
  97     super();
  98     // add a class reference to the list
  99   }
 100
 101   private void startMsaWSClient(String altitle, AlignmentView msa,
 102           boolean submitGaps, boolean preserveOrder, Alignment seqdataset)
 103   {
 104     if (!locateWebService())
 105     {
 106       return;
 107     }
 108
 109     wsInfo.setProgressText(((submitGaps) ? "Re-alignment" : "Alignment")
 110             + " of " + altitle + "\nJob details\n");
 111     String jobtitle = WebServiceName.toLowerCase();
 112     if (jobtitle.endsWith("alignment"))
 113     {
 114       if (submitGaps
 115               && (!jobtitle.endsWith("realignment") || jobtitle
 116                       .indexOf("profile") == -1))
 117       {
 118         int pos = jobtitle.indexOf("alignment");
 119         jobtitle = WebServiceName.substring(0, pos) + "re-alignment of "
 120                 + altitle;
 121       }
 122       else
 123       {
 124         jobtitle = WebServiceName + " of " + altitle;
 125       }
 126     }
 127     else
 128     {
 129       jobtitle = WebServiceName + (submitGaps ? " re" : " ")
 130               + "alignment of " + altitle;
 131     }
 132
 133     MsaWSThread msathread = new MsaWSThread(server, WsURL, wsInfo,
 134             alignFrame, WebServiceName, jobtitle, msa, submitGaps,
 135             preserveOrder, seqdataset);
 136     wsInfo.setthisService(msathread);
 137     msathread.start();
 138   }
 139
 140   /**
 141    * Initializes the server field with a valid service implementation.
 142    *
 143    * @return true if service was located.
 144    */
 145   private boolean locateWebService()
 146   {
 147     // TODO: MuscleWS transmuted to generic MsaWS client
 148     MuscleWSServiceLocator loc = new MuscleWSServiceLocator(); // Default
 149
 150     try
 151     {
 152       this.server = (MuscleWS) loc.getMuscleWS(new java.net.URL(WsURL));
 153       ((MuscleWSSoapBindingStub) this.server).setTimeout(60000); // One minute
 154       // timeout
 155     } catch (Exception ex)
 156     {
 157       wsInfo.setProgressText("Serious! " + WebServiceName
 158               + " Service location failed\nfor URL :" + WsURL + "\n"
 159               + ex.getMessage());
 160       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.ERROR);
 161       ex.printStackTrace();
 162
 163       return false;
 164     }
 165
 166     loc.getEngine().setOption("axis", "1");
 167
 168     return true;
 169   }
 170
 171   protected String getServiceActionKey()
 172   {
 173     return "MsaWS";
 174   }
 175
 176   protected String getServiceActionDescription()
 177   {
 178     return "Multiple Sequence Alignment";
 179   }
 180
 181   /**
 182    * look at ourselves and work out if we are a service that can take a profile
 183    * and align to it
 184    *
 185    * @return true if we can send gapped sequences to the alignment service
 186    */
 187   private boolean canSubmitGaps()
 188   {
 189     // TODO: query service or extract service handle props to check if we can
 190     // realign
 191     return (WebServiceName.indexOf("lustal") > -1); // cheat!
 192   }
 193
 194   public void attachWSMenuEntry(JMenu msawsmenu,
 195           final ServiceHandle serviceHandle, final AlignFrame alignFrame)
 196   {
 197     setWebService(serviceHandle, true); // headless
 198     JMenuItem method = new JMenuItem(WebServiceName);
 199     method.setToolTipText(WsURL);
 200     method.addActionListener(new ActionListener()
 201     {
 202       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 203       {
 204         AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 205         new jalview.ws.jws1.MsaWSClient(serviceHandle, alignFrame
 206                 .getTitle(), msa, false, true, alignFrame.getViewport()
 207                 .getAlignment().getDataset(), alignFrame);
 208
 209       }
 210
 211     });
 212     msawsmenu.add(method);
 213     if (canSubmitGaps())
 214     {
 215       // We know that ClustalWS can accept partial alignments for refinement.
 216       final JMenuItem methodR = new JMenuItem(serviceHandle.getName()
 217               + " Realign");
 218       methodR.setToolTipText(WsURL);
 219       methodR.addActionListener(new ActionListener()
 220       {
 221         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 222         {
 223           AlignmentView msa = alignFrame.gatherSequencesForAlignment();
 224           new jalview.ws.jws1.MsaWSClient(serviceHandle, alignFrame
 225                   .getTitle(), msa, true, true, alignFrame.getViewport()
 226                   .getAlignment().getDataset(), alignFrame);
 227
 228         }
 229
 230       });
 231       msawsmenu.add(methodR);
 232
 233     }
 234
 235   }
 236 }