src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.jws2;
  19
  20 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  21 import jalview.gui.AlignFrame;
  22 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  23 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  24 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  25 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  26
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.List;
  29 import java.util.Map;
  30 import java.util.Set;
  31 import java.util.TreeSet;
  32
  33 import compbio.data.sequence.Score;
  34 import compbio.metadata.Argument;
  35
  36 public class AAConClient extends JabawsAlignCalcWorker
  37 {
  38
  39   public AAConClient(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  40           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  41   {
  42     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  43     submitGaps = true;
  44     alignedSeqs = true;
  45     nucleotidesAllowed = false;
  46     proteinAllowed = true;
  47     gapMap = new boolean[0];
  48     initViewportParams();
  49   }
  50
  51   protected void initViewportParams()
  52   {
  53     ((jalview.gui.AlignViewport) alignViewport).setCalcIdSettingsFor(
  54             getCalcId(),
  55             new AAConSettings(true, service, this.preset,
  56                     (arguments != null) ? JabaParamStore
  57                             .getJwsArgsfromJaba(arguments) : null), true);
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public void updateParameters(WsParamSetI newpreset,
  62           java.util.List<Argument> newarguments)
  63   {
  64     super.updateParameters(newpreset, newarguments);
  65     initViewportParams();
  66   };
  67
  68   public String getServiceActionText()
  69   {
  70     return "calculating Amino acid consensus using AACon service";
  71   }
  72
  73   /**
  74    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
  75    * current visualization settings.
  76    */
  77
  78   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
  79   {
  80     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && scoremanager != null)
  81     {
  82       Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  83       int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  84       ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  85       for (String score : scoremap.keySet())
  86       {
  87         Set<Score> scores = scoremap.get(score);
  88         for (Score scr : scores)
  89         {
  90           if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  91           {
  92             /**
  93              * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  94              * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  95              * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng
  96              * : scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for
  97              * (int i = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new
  98              * Annotation("", "", ' ', val); } } annotation.annotations = elm;
  99              * annotation.validateRangeAndDisplay();
 100              */
 101           }
 102           else
 103           {
 104             createAnnotationRowsForScores(ourAnnot, getCalcId(), alWidth,
 105                     scr);
 106           }
 107         }
 108       }
 109
 110       if (ourAnnot.size() > 0)
 111       {
 112         updateOurAnnots(ourAnnot);
 113       }
 114     }
 115   }
 116
 117   public String getCalcId()
 118   {
 119     return SequenceAnnotationWSClient.AAConCalcId;
 120   }
 121
 122   public static void removeAAConsAnnotation(AlignmentPanel alignPanel)
 123   {
 124     for (AlignmentAnnotation aa : alignPanel.getAlignment().findAnnotation(
 125             SequenceAnnotationWSClient.AAConCalcId))
 126     {
 127       alignPanel.getAlignment().deleteAnnotation(aa);
 128     }
 129   }
 130 }