src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  17  */
  18 package jalview.ws.jws2;
  19
  20 import java.io.BufferedReader;
  21 import java.io.IOException;
  22 import java.io.Reader;
  23 import java.io.Writer;
  24 import java.util.ArrayList;
  25 import java.util.Hashtable;
  26 import java.util.List;
  27 import java.util.StringTokenizer;
  28
  29 import compbio.metadata.Argument;
  30 import compbio.metadata.Option;
  31 import compbio.metadata.Parameter;
  32 import compbio.metadata.Preset;
  33 import compbio.metadata.PresetManager;
  34 import compbio.metadata.RunnerConfig;
  35
  36 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.Jws2Instance;
  37 import jalview.ws.jws2.dm.JabaOption;
  38 import jalview.ws.jws2.dm.JabaParameter;
  39 import jalview.ws.jws2.dm.JabaWsParamSet;
  40 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  41 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  42 import jalview.ws.params.ParamManager;
  43 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  44
  45 public class JabaParamStore implements ParamDatastoreI
  46 {
  47
  48   Hashtable<String, JabaWsParamSet> editedParams = new Hashtable<String, JabaWsParamSet>();
  49
  50   private Jws2Instance service;
  51
  52   private RunnerConfig serviceOptions;
  53
  54   private Hashtable<String, JabaPreset> servicePresets;
  55
  56   public JabaParamStore(Jws2Instance service)
  57   {
  58     this(service, null);
  59   }
  60
  61   ParamManager manager;
  62
  63   public JabaParamStore(Jws2Instance service, ParamManager manager)
  64   {
  65     this.service = service;
  66     serviceOptions = service.getRunnerConfig();
  67     this.manager = manager;
  68     // discover all the user's locally stored presets for this service and
  69     // populate the hash table
  70     if (manager != null)
  71     {
  72       manager.registerParser(service.getUri(), this);
  73       WsParamSetI[] prams = manager.getParameterSet(null, service.getUri(),
  74               true, false);
  75       if (prams != null)
  76       {
  77         for (WsParamSetI paramset : prams)
  78         {
  79           if (paramset instanceof JabaWsParamSet)
  80           {
  81             editedParams.put(paramset.getName(), (JabaWsParamSet) paramset);
  82           }
  83           else
  84           {
  85             System.err
  86                     .println("Warning: Ignoring parameter set instance of type "
  87                             + paramset.getClass()
  88                             + " : Bound but not applicable for service at "
  89                             + service.getUri());
  90           }
  91         }
  92       }
  93     }
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public List<WsParamSetI> getPresets()
  98   {
  99     List<WsParamSetI> prefs = new ArrayList();
 100     if (servicePresets == null)
 101     {
 102       servicePresets = new Hashtable<String, JabaPreset>();
 103       PresetManager prman;
 104       if ((prman = service.getPresets()) != null)
 105       {
 106         List pset = prman.getPresets();
 107         if (pset != null)
 108         {
 109           for (Object pr : pset)
 110           {
 111             JabaPreset prset = new JabaPreset(service, (Preset) pr);
 112             servicePresets.put(prset.getName(), prset);
 113           }
 114         }
 115       }
 116     }
 117     for (JabaPreset pr : servicePresets.values())
 118     {
 119       prefs.add(pr);
 120     }
 121     for (WsParamSetI wspset : editedParams.values())
 122     {
 123       prefs.add(wspset);
 124     }
 125     return prefs;
 126   }
 127
 128   @Override
 129   public WsParamSetI getPreset(String name)
 130   {
 131     for (WsParamSetI pr : getPresets())
 132     {
 133       if (pr.getName().equals(name))
 134       {
 135         return pr;
 136       }
 137     }
 138     return null;
 139   }
 140
 141   public static List<ArgumentI> getJwsArgsfromJaba(List jabargs)
 142   {
 143     List<ArgumentI> rgs = new ArrayList<ArgumentI>();
 144     for (Object rg : jabargs)
 145     {
 146       ArgumentI narg = (rg instanceof Parameter) ? new JabaParameter(
 147               (Parameter) rg) : (rg instanceof Option) ? new JabaOption(
 148               (Option) rg) : null;
 149       if (narg == null)
 150       {
 151         throw new Error(
 152                 "Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object "
 153                         + rg.getClass());
 154       }
 155       else
 156       {
 157         rgs.add(narg);
 158       }
 159     }
 160     return rgs;
 161   }
 162
 163   public static List getJabafromJwsArgs(List<ArgumentI> jwsargs)
 164   {
 165     List rgs = new ArrayList();
 166     for (ArgumentI rg : jwsargs)
 167     {
 168       Argument narg = (rg instanceof JabaOption) ? ((JabaOption) rg)
 169               .getOption() : null;
 170       if (narg == null)
 171       {
 172         throw new Error(
 173                 "Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object "
 174                         + rg.getClass());
 175       }
 176       else
 177       {
 178         rgs.add(narg);
 179       }
 180     }
 181     return rgs;
 182   }
 183
 184   @Override
 185   public List<ArgumentI> getServiceParameters()
 186   {
 187     return getJwsArgsfromJaba(serviceOptions.getArguments());
 188   }
 189
 190   @Override
 191   public boolean presetExists(String name)
 192   {
 193     return (editedParams.containsKey(name) || servicePresets
 194             .containsKey(name));
 195   }
 196
 197   @Override
 198   public void deletePreset(String name)
 199   {
 200     if (editedParams.containsKey(name))
 201     {
 202       WsParamSetI parameterSet = editedParams.get(name);
 203       editedParams.remove(name);
 204       if (manager != null)
 205       {
 206         manager.deleteParameterSet(parameterSet);
 207       }
 208       return;
 209     }
 210     if (servicePresets.containsKey(name))
 211     {
 212       throw new Error(
 213               "Implementation error: Attempt to delete a service preset!");
 214     }
 215   }
 216
 217   @Override
 218   public void storePreset(String presetName, String text,
 219           List<ArgumentI> jobParams)
 220   {
 221     JabaWsParamSet jps = new JabaWsParamSet(presetName, text, jobParams);
 222     jps.setApplicableUrls(new String[]
 223     { service.getUri() });
 224     editedParams.put(jps.getName(), jps);
 225     if (manager != null)
 226     {
 227       manager.storeParameterSet(jps);
 228     }
 229   }
 230
 231   @Override
 232   public void updatePreset(String oldName, String presetName, String text,
 233           List<ArgumentI> jobParams)
 234   {
 235     JabaWsParamSet jps = (JabaWsParamSet) ((oldName != null) ? getPreset(oldName)
 236             : getPreset(presetName));
 237     if (jps == null)
 238     {
 239       throw new Error("Implementation error: Can't locate either oldname ("
 240               + oldName + ") or presetName (" + presetName
 241               + "in the datastore!");
 242     }
 243     jps.setName(presetName);
 244     jps.setDescription(text);
 245     jps.setArguments(jobParams);
 246     jps.setApplicableUrls(new String[]
 247     { service.getUri() });
 248     if (oldName != null && !oldName.equals(jps.getName()))
 249     {
 250       editedParams.remove(oldName);
 251     }
 252     editedParams.put(jps.getName(), jps);
 253
 254     if (manager != null)
 255     {
 256       manager.storeParameterSet(jps);
 257     }
 258   }
 259
 260   /**
 261    * create a new, empty parameter set for this service
 262    *
 263    * @return
 264    */
 265   WsParamSetI newWsParamSet()
 266   {
 267     return new JabaWsParamSet();
 268   };
 269
 270   private boolean involves(String[] urls)
 271   {
 272     boolean found = false;
 273     for (String url : urls)
 274     {
 275       if (service.getUri().equalsIgnoreCase(url))
 276       {
 277         found = true;
 278         break;
 279       }
 280     }
 281     return found;
 282   }
 283
 284   @Override
 285   public WsParamSetI parseServiceParameterFile(String name, String descr,
 286           String[] urls, String parameterfile) throws IOException
 287   {
 288     if (!involves(urls))
 289     {
 290       throw new IOException(
 291               "Implementation error: Cannot find service url in the given url set!");
 292
 293     }
 294     JabaWsParamSet wsp = new JabaWsParamSet();
 295     wsp.setName(name);
 296     wsp.setDescription(descr);
 297     wsp.setApplicableUrls(urls.clone());
 298
 299     List<String> lines = new ArrayList<String>();
 300     StringTokenizer st = new StringTokenizer(parameterfile, "\n");
 301     while (st.hasMoreTokens())
 302     {
 303       lines.add(st.nextToken());
 304     }
 305     wsp.setjabaArguments(ParameterUtils.processParameters(lines,
 306             serviceOptions, " "));
 307     return wsp;
 308   }
 309
 310   @Override
 311   public String generateServiceParameterFile(WsParamSetI pset)
 312           throws IOException
 313   {
 314     if (!involves(pset.getApplicableUrls()))
 315     {
 316       throw new IOException(
 317               "Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ("
 318                       + service.getUri() + ") !");
 319
 320     }
 321     if (!(pset instanceof JabaWsParamSet))
 322     {
 323       throw new Error(
 324               "Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore");
 325     }
 326
 327     StringBuffer rslt = new StringBuffer();
 328     for (String ln : ParameterUtils.writeParameterSet(
 329             ((JabaWsParamSet) pset).getjabaArguments(), " "))
 330     {
 331       rslt.append(ln);
 332       rslt.append("\n");
 333     }
 334     ;
 335     return rslt.toString();
 336   }
 337
 338 }