src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  11  *
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  25 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  26 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import compbio.metadata.Preset;
  31
  32 public class JabaPreset implements WsParamSetI
  33 {
  34   Preset p = null;
  35
  36   Jws2Instance service;
  37
  38   public JabaPreset(Jws2Instance svc, Preset preset)
  39   {
  40     service = svc;
  41     p = preset;
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public String getName()
  46   {
  47     return p.getName();
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public String getDescription()
  52   {
  53     return p.getDescription();
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public String[] getApplicableUrls()
  58   {
  59     return new String[] { service.getUri() };
  60   }
  61
  62   @Override
  63   public String getSourceFile()
  64   {
  65     return null;
  66   }
  67
  68   @Override
  69   public boolean isModifiable()
  70   {
  71     return false;
  72   }
  73
  74   @Override
  75   public void setSourceFile(String newfile)
  76   {
  77     throw new Error(MessageManager.formatMessage(
  78             "error.cannot_set_source_file_for", new String[] { getClass()
  79                     .toString() }));
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public List<ArgumentI> getArguments()
  84   {
  85     try
  86     {
  87       return JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(p.getArguments(service
  88               .getRunnerConfig()));
  89     } catch (Exception e)
  90     {
  91       e.printStackTrace();
  92       throw new Error(
  93               MessageManager
  94                       .getString("error.mismatch_service_instance_preset"));
  95     }
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public void setArguments(List<ArgumentI> args)
 100   {
 101     throw new Error(
 102             MessageManager
 103                     .getString("error.cannot_set_params_for_ws_preset"));
 104   }
 105 }