src/jalview/ws/jws2/JabaPreset.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  25 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  26 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import compbio.metadata.Preset;
  31
  32 public class JabaPreset implements WsParamSetI
  33 {
  34   Preset p = null;
  35
  36   Jws2Instance service;
  37
  38   public JabaPreset(Jws2Instance svc, Preset preset)
  39   {
  40     service = svc;
  41     p = preset;
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public String getName()
  46   {
  47     return p.getName();
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public String getDescription()
  52   {
  53     return p.getDescription();
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public String[] getApplicableUrls()
  58   {
  59     return new String[]
  60     { service.getUri() };
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public String getSourceFile()
  65   {
  66     return null;
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public boolean isModifiable()
  71   {
  72     return false;
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public void setSourceFile(String newfile)
  77   {
  78     throw new Error(MessageManager.formatMessage("error.cannot_set_source_file_for", new String[]{getClass().toString()}));
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public List<ArgumentI> getArguments()
  83   {
  84     try
  85     {
  86       return JabaParamStore.getJwsArgsfromJaba(p.getArguments(service
  87               .getRunnerConfig()));
  88     } catch (Exception e)
  89     {
  90       e.printStackTrace();
  91       throw new Error(MessageManager.getString("error.mismatch_service_instance_preset"));
  92     }
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public void setArguments(List<ArgumentI> args)
  97   {
  98     throw new Error(MessageManager.getString("error.cannot_set_params_for_ws_preset"));
  99   }
 100 }