src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java

   1 /*
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  18  */
  19 /**
  20  *
  21  */
  22 package jalview.ws.jws2;
  23
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  26
  27 import java.util.HashSet;
  28 import java.util.Set;
  29
  30 import compbio.data.msa.Category;
  31 import compbio.data.msa.JABAService;
  32 import compbio.ws.client.Jws2Client;
  33 import compbio.ws.client.Services;
  34
  35 /**
  36  * @author JimP
  37  *
  38  */
  39 public class JabaWsServerQuery implements Runnable
  40 {
  41
  42   Jws2Discoverer jws2Discoverer = null;
  43
  44   String jwsservers = null;
  45
  46   boolean quit = false, running = false;
  47
  48   /**
  49    * @return the running
  50    */
  51   public boolean isRunning()
  52   {
  53     return running;
  54   }
  55
  56   /**
  57    * @param quit
  58    *          the quit to set
  59    */
  60   public void setQuit(boolean quit)
  61   {
  62     this.quit = quit;
  63   }
  64
  65   public JabaWsServerQuery(Jws2Discoverer jws2Discoverer, String jwsservers)
  66   {
  67     this.jws2Discoverer = jws2Discoverer;
  68     this.jwsservers = jwsservers;
  69   }
  70
  71   Services[] JABAWS1SERVERS = new Services[]
  72   { Services.ClustalWS, Services.MuscleWS, Services.MafftWS,
  73       Services.ProbconsWS, Services.TcoffeeWS };
  74
  75   Services[] JABAWS2SERVERS = new Services[]
  76   { Services.ClustalWS, Services.MuscleWS, Services.MafftWS,
  77       Services.ProbconsWS, Services.TcoffeeWS, Services.AAConWS,
  78       Services.DisemblWS, Services.GlobPlotWS, Services.IUPredWS,
  79       Services.JronnWS };
  80
  81   /*
  82    * (non-Javadoc)
  83    *
  84    * @see java.lang.Runnable#run()
  85    */
  86   @Override
  87   public void run()
  88   {
  89     running = true;
  90     try
  91     {
  92       if (Jws2Client.validURL(jwsservers))
  93       {
  94         compbio.data.msa.RegistryWS registry = null;
  95         Set svccategories = null;
  96         boolean noservices = true;
  97         // look for services
  98         boolean jabasws2 = false;
  99         // If we are dealing with a JABAWS2 service, then just go and ask the
 100         // JABAWS 2 service registry
 101         Set<Services> srv_set = new HashSet<Services>();
 102
 103         Set<Category> categories = Category.getCategories();
 104         String svc_cat;
 105
 106         try
 107         {
 108           // JBPNote: why is RegistryWS in compbio.data.msa ?
 109           registry = Jws2Client.connectToRegistry(jwsservers);
 110           if (registry != null)
 111           {
 112             // System.err.println("Test Services Output\n"
 113             // + registry.testAllServices());
 114             // TODO: enumerate services and test those that haven't been tested
 115             // in the last n-days/hours/etc.
 116
 117             jabasws2 = true;
 118             srv_set = registry.getSupportedServices();
 119             svccategories = registry.getServiceCategories();
 120
 121           }
 122         } catch (Exception ex)
 123         {
 124           System.err.println("Exception whilst trying to get at registry:");
 125           ex.printStackTrace();
 126           // if that failed, then we are probably working with a JABAWS1 server.
 127           // in that case, look for each service endpoint
 128           System.err.println("JWS2 Discoverer: " + jwsservers
 129                   + " is a JABAWS1 server. Using hardwired list.");
 130           for (Services srv : JABAWS1SERVERS)
 131           {
 132             srv_set.add(srv);
 133           }
 134         }
 135         for (Category cat : categories)
 136         {
 137           for (Services srv : cat.getServices())
 138           {
 139             if (quit)
 140             {
 141               running = false;
 142               return;
 143             }
 144             if (!srv_set.contains(srv))
 145             {
 146               continue;
 147             }
 148             JABAService service = null;
 149             try
 150             {
 151               service = Jws2Client.connect(jwsservers, srv);
 152             } catch (Exception e)
 153             {
 154               System.err.println("Jws2 Discoverer: Problem on "
 155                       + jwsservers + " with service " + srv + ":\n"
 156                       + e.getMessage());
 157               if (!(e instanceof javax.xml.ws.WebServiceException))
 158               {
 159                 e.printStackTrace();
 160               }
 161               // For moment, report service as a problem.
 162               jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 163             }
 164             ;
 165             if (service != null)
 166             {
 167               noservices = false;
 168               Jws2Instance svc = null;
 169               if (registry != null)
 170               {
 171
 172                 String description = registry.getServiceDescription(srv);
 173
 174                 svc = new Jws2Instance(jwsservers, srv.toString(),
 175                         cat.name, description, service);
 176               }
 177               if (svc == null)
 178               {
 179                 svc = new Jws2Instance(jwsservers, srv.toString(),
 180                         cat.name, "JABAWS 1 Alignment Service", service);
 181               }
 182               jws2Discoverer.addService(jwsservers, svc);
 183             }
 184
 185           }
 186         }
 187
 188         if (noservices)
 189         {
 190           jws2Discoverer.addUrlwithnoservices(jwsservers);
 191         }
 192       }
 193       else
 194       {
 195         jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 196         Cache.log.info("Ignoring invalid Jws2 service url " + jwsservers);
 197       }
 198     } catch (Exception e)
 199     {
 200       e.printStackTrace();
 201       Cache.log.warn("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 202       jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 203     } catch (Error e)
 204     {
 205       Cache.log.error("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 206       jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 207     }
 208     running = false;
 209   }
 210
 211 }