src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  *******************************************************************************/
  18 /**
  19  *
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24
  25 import compbio.data.msa.MsaWS;
  26 import compbio.ws.client.Jws2Client;
  27 import compbio.ws.client.Services;
  28
  29 /**
  30  * @author JimP
  31  *
  32  */
  33 public class JabaWsServerQuery implements Runnable
  34 {
  35
  36   Jws2Discoverer jws2Discoverer=null;
  37   String jwsservers=null;
  38   boolean quit=false,
  39   running=false;
  40   /**
  41    * @return the running
  42    */
  43   public  boolean isRunning()
  44   {
  45     return running;
  46   }
  47
  48   /**
  49    * @param quit the quit to set
  50    */
  51   public void setQuit(boolean quit)
  52   {
  53     this.quit = quit;
  54   }
  55
  56   public JabaWsServerQuery(Jws2Discoverer jws2Discoverer, String jwsservers)
  57   {
  58     this.jws2Discoverer = jws2Discoverer;
  59     this.jwsservers=jwsservers;
  60   }
  61
  62   /* (non-Javadoc)
  63    * @see java.lang.Runnable#run()
  64    */
  65   @Override
  66   public void run()
  67   {
  68     running=true;
  69         try
  70     {
  71       if (Jws2Client.validURL(jwsservers))
  72       {
  73         boolean noservices=true;
  74         // look for services
  75         for (Services srv : Services.values())
  76         {
  77           if (quit)
  78           {
  79             running=false;
  80             return;
  81           }
  82           MsaWS service = null;
  83           try
  84           {
  85             service = Jws2Client.connect(jwsservers, srv);
  86           } catch (Exception e)
  87           {
  88             System.err.println("Jws2 Discoverer: Problem on "
  89                     + jwsservers + " with service " + srv + ":\n"
  90                     + e.getMessage());
  91             if (!(e instanceof javax.xml.ws.WebServiceException))
  92             {
  93               e.printStackTrace();
  94             }
  95             // For moment, report service as a problem.
  96             jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
  97           }
  98           ;
  99           if (service != null)
 100           {
 101             noservices=false;
 102             jws2Discoverer.addService(jwsservers, srv, service);
 103           }
 104         }
 105         if (noservices)
 106         {
 107           jws2Discoverer.addUrlwithnoservices(jwsservers);
 108         }
 109       }
 110       else
 111       {
 112         jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 113         Cache.log.info("Ignoring invalid Jws2 service url " + jwsservers);
 114       }
 115     } catch (Exception e)
 116     {
 117       e.printStackTrace();
 118       Cache.log.warn("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 119       jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 120     } catch (Error e)
 121     {
 122       Cache.log.error("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 123       jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 124     }
 125     running=false;
 126   }
 127
 128 }