src/jalview/ws/jws2/JabaWsServerQuery.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  15  *
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  17  */
  18 /**
  19  *
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  25
  26 import java.util.HashSet;
  27 import java.util.Set;
  28
  29 import compbio.data.msa.Category;
  30 import compbio.data.msa.JABAService;
  31 import compbio.ws.client.Jws2Client;
  32 import compbio.ws.client.Services;
  33
  34 /**
  35  * @author JimP
  36  *
  37  */
  38 public class JabaWsServerQuery implements Runnable
  39 {
  40
  41   Jws2Discoverer jws2Discoverer = null;
  42
  43   String jwsservers = null;
  44
  45   boolean quit = false, running = false;
  46
  47   /**
  48    * @return the running
  49    */
  50   public boolean isRunning()
  51   {
  52     return running;
  53   }
  54
  55   /**
  56    * @param quit
  57    *          the quit to set
  58    */
  59   public void setQuit(boolean quit)
  60   {
  61     this.quit = quit;
  62   }
  63
  64   public JabaWsServerQuery(Jws2Discoverer jws2Discoverer, String jwsservers)
  65   {
  66     this.jws2Discoverer = jws2Discoverer;
  67     this.jwsservers = jwsservers;
  68   }
  69
  70   Services[] JABAWS1SERVERS = new Services[]
  71   { Services.ClustalWS, Services.MuscleWS, Services.MafftWS,
  72       Services.ProbconsWS, Services.TcoffeeWS };
  73
  74   Services[] JABAWS2SERVERS = new Services[]
  75   { Services.ClustalWS, Services.MuscleWS, Services.MafftWS,
  76       Services.ProbconsWS, Services.TcoffeeWS, Services.AAConWS,
  77       Services.DisemblWS, Services.GlobPlotWS, Services.IUPredWS,
  78       Services.JronnWS, Services.RNAalifoldWS };
  79
  80   /*
  81    * (non-Javadoc)
  82    *
  83    * @see java.lang.Runnable#run()
  84    */
  85   @Override
  86   public void run()
  87   {
  88     running = true;
  89     try
  90     {
  91       if (Jws2Client.validURL(jwsservers))
  92       {
  93         compbio.data.msa.RegistryWS registry = null;
  94         Set svccategories = null;
  95         boolean noservices = true;
  96         // look for services
  97         boolean jabasws2 = false;
  98         // If we are dealing with a JABAWS2 service, then just go and ask the
  99         // JABAWS 2 service registry
 100         Set<Services> srv_set = new HashSet<Services>();
 101
 102         Set<Category> categories = Category.getCategories();
 103         String svc_cat;
 104
 105         try
 106         {
 107           // JBPNote: why is RegistryWS in compbio.data.msa ?
 108           registry = Jws2Client.connectToRegistry(jwsservers);
 109           if (registry != null)
 110           {
 111             // System.err.println("Test Services Output\n"
 112             // + registry.testAllServices());
 113             // TODO: enumerate services and test those that haven't been tested
 114             // in the last n-days/hours/etc.
 115
 116             jabasws2 = true;
 117             srv_set = registry.getSupportedServices();
 118
 119             // dan test
 120             System.out.println("registry.getSupportedServices: " + srv_set.toString());
 121
 122             svccategories = registry.getServiceCategories();
 123
 124             // dan test
 125 //            System.out.println("registry.getServiceCategories: " + svccategories.toString());
 126
 127           }
 128         } catch (Exception ex)
 129         {
 130           System.err.println("Exception whilst trying to get at registry:");
 131           ex.printStackTrace();
 132           // if that failed, then we are probably working with a JABAWS1 server.
 133           // in that case, look for each service endpoint
 134           System.err.println("JWS2 Discoverer: " + jwsservers
 135                   + " is a JABAWS1 server. Using hardwired list.");
 136           for (Services srv : JABAWS1SERVERS)
 137           {
 138             srv_set.add(srv);
 139           }
 140         }
 141         for (Category cat : categories)
 142         {
 143           for (Services srv : cat.getServices())
 144           {
 145             if (quit)
 146             {
 147               running = false;
 148               return;
 149             }
 150             if (!srv_set.contains(srv))
 151             {
 152               continue;
 153             }
 154             JABAService service = null;
 155             try
 156             {
 157               service = Jws2Client.connect(jwsservers, srv);
 158             } catch (Exception e)
 159             {
 160               System.err.println("Jws2 Discoverer: Problem on "
 161                       + jwsservers + " with service " + srv + ":\n"
 162                       + e.getMessage());
 163               if (!(e instanceof javax.xml.ws.WebServiceException))
 164               {
 165                 e.printStackTrace();
 166               }
 167               // For moment, report service as a problem.
 168               jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 169             }
 170             ;
 171             if (service != null)
 172             {
 173               noservices = false;
 174               Jws2Instance svc = null;
 175               if (registry != null)
 176               {
 177
 178                 String description = registry.getServiceDescription(srv);
 179
 180                 svc = new Jws2Instance(jwsservers, srv.toString(),
 181                         cat.name, description, service);
 182               }
 183               if (svc == null)
 184               {
 185                 svc = new Jws2Instance(jwsservers, srv.toString(),
 186                         cat.name, "JABAWS 1 Alignment Service", service);
 187               }
 188               jws2Discoverer.addService(jwsservers, svc);
 189             }
 190
 191           }
 192         }
 193
 194         if (noservices)
 195         {
 196           jws2Discoverer.addUrlwithnoservices(jwsservers);
 197         }
 198       }
 199       else
 200       {
 201         jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 202         Cache.log.info("Ignoring invalid Jws2 service url " + jwsservers);
 203       }
 204     } catch (Exception e)
 205     {
 206       e.printStackTrace();
 207       Cache.log.warn("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 208       jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 209     } catch (Error e)
 210     {
 211       Cache.log.error("Exception when discovering Jws2 services.", e);
 212       jws2Discoverer.addInvalidServiceUrl(jwsservers);
 213     }
 214     running = false;
 215   }
 216
 217 }