src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  18  */
  19 package jalview.ws.jws2;
  20
  21 import jalview.api.AlignViewportI;
  22 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  25 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  26 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  27
  28 import java.util.List;
  29
  30 import compbio.metadata.Argument;
  31
  32 public abstract class JabawsAlignCalcWorker extends JabawsCalcWorker
  33 {
  34
  35   public JabawsAlignCalcWorker(AlignViewportI alignViewport,
  36           AlignmentViewPanel alignPanel)
  37   {
  38     super(alignViewport, alignPanel);
  39   }
  40
  41
  42
  43
  44   public JabawsAlignCalcWorker(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  45           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  46   {
  47     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  48   }
  49
  50   /**
  51    * Recover any existing parameters for this service
  52    */
  53   protected void initViewportParams()
  54   {
  55     ((jalview.gui.AlignViewport) alignViewport).setCalcIdSettingsFor(
  56             getCalcId(),
  57             new AAConSettings(true, service, this.preset,
  58                     (arguments != null) ? JabaParamStore
  59                             .getJwsArgsfromJaba(arguments) : null), true);
  60   }
  61
  62   /**
  63    *
  64    * @return
  65    */
  66   public abstract String getCalcId();
  67
  68
  69
  70
  71   @Override
  72   public void updateParameters(WsParamSetI newpreset, java.util.List<Argument> newarguments)
  73   {
  74     super.updateParameters(newpreset, newarguments);
  75     initViewportParams();
  76   }
  77 }