src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.gui.AlignFrame;
  26 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  27 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  28 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  29
  30 import java.util.List;
  31
  32 import compbio.metadata.Argument;
  33
  34 public abstract class JabawsAlignCalcWorker extends JabawsCalcWorker
  35 {
  36
  37   public JabawsAlignCalcWorker(AlignViewportI alignViewport,
  38           AlignmentViewPanel alignPanel)
  39   {
  40     super(alignViewport, alignPanel);
  41   }
  42
  43
  44
  45
  46   public JabawsAlignCalcWorker(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  47           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  48   {
  49     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  50   }
  51
  52   /**
  53    * Recover any existing parameters for this service
  54    */
  55   protected void initViewportParams()
  56   {
  57     ((jalview.gui.AlignViewport) alignViewport).setCalcIdSettingsFor(
  58             getCalcId(),
  59             new AAConSettings(true, service, this.preset,
  60                     (arguments != null) ? JabaParamStore
  61                             .getJwsArgsfromJaba(arguments) : null), true);
  62   }
  63
  64   /**
  65    *
  66    * @return
  67    */
  68   public abstract String getCalcId();
  69
  70
  71
  72
  73   @Override
  74   public void updateParameters(WsParamSetI newpreset, java.util.List<Argument> newarguments)
  75   {
  76     super.updateParameters(newpreset, newarguments);
  77     initViewportParams();
  78   }
  79 }