src/jalview/ws/jws2/JabawsAlignCalcWorker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.gui.AlignFrame;
  26 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  27 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  28 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  29
  30 import java.util.List;
  31
  32 import compbio.metadata.Argument;
  33
  34 public abstract class JabawsAlignCalcWorker extends JabawsCalcWorker
  35 {
  36
  37   public JabawsAlignCalcWorker(AlignViewportI alignViewport,
  38           AlignmentViewPanel alignPanel)
  39   {
  40     super(alignViewport, alignPanel);
  41   }
  42
  43   public JabawsAlignCalcWorker(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  44           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  45   {
  46     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  47   }
  48
  49   /**
  50    * Recover any existing parameters for this service
  51    */
  52   protected void initViewportParams()
  53   {
  54     ((jalview.gui.AlignViewport) alignViewport).setCalcIdSettingsFor(
  55             getCalcId(),
  56             new AAConSettings(true, service, this.preset,
  57                     (arguments != null) ? JabaParamStore
  58                             .getJwsArgsfromJaba(arguments) : null), true);
  59   }
  60
  61   /**
  62    *
  63    * @return
  64    */
  65   public abstract String getCalcId();
  66
  67   @Override
  68   public void updateParameters(WsParamSetI newpreset,
  69           java.util.List<Argument> newarguments)
  70   {
  71     super.updateParameters(newpreset, newarguments);
  72     initViewportParams();
  73   }
  74 }