src/jalview/ws/jws2/JabawsCalcWorker.java

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   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.Annotation;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  29 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  30
  31 import java.util.Iterator;
  32 import java.util.List;
  33
  34 import compbio.data.msa.SequenceAnnotation;
  35 import compbio.data.sequence.Score;
  36 import compbio.data.sequence.ScoreManager;
  37 import compbio.metadata.Argument;
  38 import compbio.metadata.ChunkHolder;
  39 import compbio.metadata.JobStatus;
  40 import compbio.metadata.JobSubmissionException;
  41 import compbio.metadata.ResultNotAvailableException;
  42 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  43
  44 public abstract class JabawsCalcWorker extends AbstractJabaCalcWorker
  45 {
  46
  47   @SuppressWarnings("unchecked")
  48   protected SequenceAnnotation aaservice;
  49
  50   protected ScoreManager scoremanager;
  51
  52   public JabawsCalcWorker(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  53           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  54   {
  55     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  56     aaservice = (SequenceAnnotation) service.service;
  57   }
  58
  59   @Override
  60   ChunkHolder pullExecStatistics(String rslt, long rpos)
  61   {
  62     return aaservice.pullExecStatistics(rslt, rpos);
  63   }
  64
  65   @Override
  66   boolean collectAnnotationResultsFor(String rslt)
  67           throws ResultNotAvailableException
  68   {
  69     scoremanager = aaservice.getAnnotation(rslt);
  70     if (scoremanager != null)
  71     {
  72       return true;
  73     }
  74     return false;
  75   }
  76
  77   @Override
  78   boolean cancelJob(String rslt) throws Exception
  79   {
  80     return aaservice.cancelJob(rslt);
  81   }
  82
  83   @Override
  84   protected JobStatus getJobStatus(String rslt) throws Exception
  85   {
  86     return aaservice.getJobStatus(rslt);
  87   }
  88
  89   @Override
  90   boolean hasService()
  91   {
  92     return aaservice != null;
  93   }
  94
  95   @Override
  96   protected boolean isInteractiveUpdate()
  97   {
  98     return this instanceof AAConClient;
  99   }
 100
 101   @Override
 102   protected String submitToService(
 103           List<compbio.data.sequence.FastaSequence> seqs)
 104           throws JobSubmissionException
 105   {
 106     String rslt;
 107     if (preset == null && arguments == null)
 108     {
 109       rslt = aaservice.analize(seqs);
 110     }
 111     else
 112     {
 113       try
 114       {
 115         rslt = aaservice.customAnalize(seqs, getJabaArguments());
 116       } catch (WrongParameterException x)
 117       {
 118         throw new JobSubmissionException(
 119                 MessageManager
 120                         .getString("exception.jobsubmission_invalid_params_set"),
 121                 x);
 122
 123       }
 124     }
 125     return rslt;
 126   }
 127
 128   protected void createAnnotationRowsForScores(
 129           List<AlignmentAnnotation> ourAnnot, String calcId, int alWidth,
 130           Score scr)
 131   {
 132     // simple annotation row
 133     AlignmentAnnotation annotation = alignViewport.getAlignment()
 134             .findOrCreateAnnotation(scr.getMethod(), calcId, true, null,
 135                     null);
 136     if (alWidth == gapMap.length) // scr.getScores().size())
 137     {
 138       constructAnnotationFromScore(annotation, 0, alWidth, scr);
 139       ourAnnot.add(annotation);
 140     }
 141   }
 142
 143   protected AlignmentAnnotation createAnnotationRowsForScores(
 144           List<AlignmentAnnotation> ourAnnot, String typeName,
 145           String calcId, SequenceI dseq, int base, Score scr)
 146   {
 147     System.out.println("Creating annotation on dseq:" + dseq.getStart()
 148             + " base is " + base + " and length=" + dseq.getLength()
 149             + " == " + scr.getScores().size());
 150     // AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(
 151     // scr.getMethod(), typeName, new Annotation[]
 152     // {}, 0, -1, AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH);
 153     // annotation.setCalcId(calcId);
 154     AlignmentAnnotation annotation = alignViewport.getAlignment()
 155             .findOrCreateAnnotation(typeName, calcId, false, dseq, null);
 156     constructAnnotationFromScore(annotation, 0, dseq.getLength(), scr);
 157     annotation.createSequenceMapping(dseq, base, false);
 158     annotation.adjustForAlignment();
 159     dseq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 160     ourAnnot.add(annotation);
 161     return annotation;
 162   }
 163
 164   protected void replaceAnnotationOnAlignmentWith(
 165           AlignmentAnnotation newAnnot, String typeName, String calcId,
 166           SequenceI aSeq)
 167   {
 168     SequenceI dsseq = aSeq.getDatasetSequence();
 169     while (dsseq.getDatasetSequence() != null)
 170     {
 171       dsseq = dsseq.getDatasetSequence();
 172     }
 173     // look for same annotation on dataset and lift this one over
 174     List<AlignmentAnnotation> dsan = dsseq.getAlignmentAnnotations(calcId,
 175             typeName);
 176     if (dsan != null && dsan.size() > 0)
 177     {
 178       for (AlignmentAnnotation dssan : dsan)
 179       {
 180         dsseq.removeAlignmentAnnotation(dssan);
 181       }
 182     }
 183     AlignmentAnnotation dssan = new AlignmentAnnotation(newAnnot);
 184     dsseq.addAlignmentAnnotation(dssan);
 185     dssan.adjustForAlignment();
 186   }
 187
 188   private void constructAnnotationFromScore(AlignmentAnnotation annotation,
 189           int base, int alWidth, Score scr)
 190   {
 191     Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
 192     Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator();
 193     float m = 0f, x = 0f;
 194     for (int i = 0; vals.hasNext(); i++)
 195     {
 196       float val = vals.next().floatValue();
 197       if (i == 0)
 198       {
 199         m = val;
 200         x = val;
 201       }
 202       else
 203       {
 204         if (m > val)
 205         {
 206           m = val;
 207         }
 208         ;
 209         if (x < val)
 210         {
 211           x = val;
 212         }
 213       }
 214       // if we're at a gapped column then skip to next ungapped position
 215       if (gapMap != null && gapMap.length > 0)
 216       {
 217         while (!gapMap[i])
 218         {
 219           elm[i++] = new Annotation("", "", ' ', Float.NaN);
 220         }
 221       }
 222       elm[i] = new Annotation("", "" + val, ' ', val);
 223     }
 224
 225     annotation.annotations = elm;
 226     annotation.belowAlignment = true;
 227     if (x < 0)
 228     {
 229       x = 0;
 230     }
 231     x += (x - m) * 0.1;
 232     annotation.graphMax = x;
 233     annotation.graphMin = m;
 234     annotation.validateRangeAndDisplay();
 235   }
 236
 237 }